制度设计考虑到了学科差异
事实上，该方案也确实考虑到了学科差异的因素，从所需缴纳经费的绝对数量来看，同招一个学生，人文学科所需付出的仅相当于其他学科的1／3至1／4左右。
不仅如此，方案还规定，浙大将设立“浙江大学研究生教育扶植基金”，用于支持学校部分基础学科、新兴学科等的需要，支持指导教师招收第一名研究生所支付的费用。
但校方或许没有预料到的是，即使如此考虑，人文学科反弹依然强烈。该校人文学院一位教授表示，“交多交少是一回事，要不要交是另外一回事。别的学科有钱，爱交就交，人文学科没钱，怎么交？”
这一观点得到该校另一位教授的认同。这位教授表示，文科的课题经费相对少得多，尤其是横向课题(指有关部门、企事业单位、社会团体等委托研究的应用型课题)更是少得可怜，而纵向课题(指由国家或省市科技主管部门拨款的课题)的经费在课题完成之前又不能动。“文科一个课题几万元算大课题了，再说，每年又有多少纵向课题可以申请？所以，这项新政策一旦真的实施起来，导师非倒贴不可。”
“这不是交不交钱的问题，而是方案制定者如何对待人文基础学科的问题。”在包伟民看来，文科不像其他某些学科可以通过招生带来实际利益，文史类基础学科与其他应用学科差异很大，一般都没有项目，就是自己做研究。别的学科招来学生可以帮助做实验、做调查、做项目，但我们基本上是独立研究。
浙江大学社科处处长罗卫东分析认为，人文学科之所以反弹较大，主要是因为人文学科研究生培养模式比较特殊，师生之间更像是传统的师徒关系，老师本来就很少从学生那里得到相应回报，现在又要他们向学校交钱，出现反弹是可想而知的。
包伟民还表示，虽说学校让导师出助研经费的考虑是为了“与国际接轨”，但文史类学科导师补贴钱培养学生的情况却并非国际惯例，“前段时间，美国普林斯顿大学研究生院院长访问我校，我请教他们学校的做法，他说他们那人文基础学科都是由学校给老师补贴钱，没有想到在我们这却倒过来了。”
包伟民说，正是基于这些，所以他不屑于申请“扶植”。综合这些考虑，他最后决定发个声明，“我当然知道政策不会因为抗议而改变，但这是在表明一个人的态度，表明我的不认同。”
引发校内对学术、市场和行政逻辑的争论
包伟民教授的告考生书，在浙江大学内也引起了激烈争论，有多个学科的教师参与进来，而讨论的内容也已远远超出了事件本身。在一个博客上，该校社科处处长罗卫东、经济学院副院长史晋川、经济学院教授叶航等人就展开了一场激烈的论战。
一位教授表示，带学生从来都是学生交费，哪有教师交钱的道理？“这种方式进行下去，师生关系如何处理？会不会导致雇佣关系固定化？因为我招你进来是花了钱的，你就得替我老老实实干活儿！”
叶航教授在肯定改革方向基本正确的同时，对某些具体制度也有类似担忧，他说：“以前许多博导就是老板，这种情况工科特别盛行，学生招得越多干活儿的就越多，现在老师要交钱了，我最担心教师会更加明目张胆地把学生当成打工仔。”医学全在线 www.lindalemus.com
还有些教师则担心这笔钱会转嫁到学生头上，一位不愿意透露姓名的教师表示，在这个方案下，某些学院的大多数教师只会向学校申请“扶植”基金带一个学生，还有极个别的甚至不带学生。如果有几个学生慕名投考，一定要拜在他门下，那这笔费用肯定只能由学生自己带过来，导师不可能帮他出这笔费用。
但罗卫东却不这么看，他认为，学校面临的是资源约束，博士点很多，博士导师很多，在国家出钱的情况下，人人都想多招学生。如何来解决这个现实问题？引入这个“价格机制”是解决资源配置的一种尝试。
浙大的这个改革方案，确实采取了种种措施，对目前社会反映强烈的导师招生过多过滥现象做出了反应，相关文件规定，导师每年招收硕士生一般不超过3名，博士生一般不超过两名，每名导师当年招收的研究生总数最多不超过5名。
史晋川教授也表示，近些年研究生招生规模扩张很大，完全是因为有国家出钱，对导师而言没有约束，让大家都想吃免费午餐，导致培养出来的研究生质量不高。现在想改变这种状况，就得控制导师的招生人数。
他说，很多世界著名大学，有科研经费的导师用自己的经费招收研究生是通行惯例，有的导师经费充足研究生也多。“我曾经访问过美国和英国的数十所大学，基本情况都是这样，现在最要紧的，是相关配套措施的进一步完善。”
这位教授还表示，任何现代大学都有学术、市场和行政三种逻辑在起作用，关键是学术逻辑应当在制度设计中居主导地位。想把3者分开或彻底排斥学术外的其他逻辑，是过于理想化的想法。他认为，当前的大学虽然学术逻辑还未居主导地位，但是肯定比研究生制度改革前有进步。
