随着社会的发展，在传统体制下形成的研究生教育管理和调控机制已经不能够很好适应新形势下研究生教育发展的需要。
中国农业大学校长柯炳生说，以前的研究生培养体制有很多不合理之处：一是在国家下拨研究生培养经费有限的情况下，研究生入学时被划分为公费生和自费生。两类学生在缴纳学费、享受奖助学金和医疗服务方面，差别较大；并且自费生无论入学后如何努力，学业如何突出，其待遇差别从入校到毕业都不能改变。二是导师招生数量的分配不合理。尽管有对导师科研情况和经费数量的要求，但是这种要求在落实上有难度、有漏洞，导致招生数量在导师之间的分配不合理，不利于培养质量的提高。三是在招生工作中，导师选拔研究生的自主权不够充分，不利于导师责任制的落实。这些体制方面的不合理，都突出地制约了研究生培养质量的提高。所以必须进行改革。
改革研究生培养机制就是要进一步统筹培养单位教学、科研等方面的资源，以建立科学研究为主导的导师负责制和导师资助制为核心，改革研究生选拔机制，优化研究生培养过程，加强指导教师队伍建设，完善研究生奖助制度，实现研究生教育规模、结构协调发展，全面提高研究生培养质量。
在教育部、财政部的推动和支持下，研究生培养机制改革试点工作取得了较大进展。自2006年开始，哈尔滨工业大学等3所高等学校开展了研究生培养机制改革的试点工作；2007年，实行培养机制改革的高等学校增至17所；2008年，改革已推广到47所设置研究生院的高等学校；计划至2009年，改革将推广到全部中央部委属院校，同时鼓励各省(自治区、直辖市)选择省属高等学校开展改革试点工作。
