打破中西医之间的壁垒，是东西方两种认知力量的汇聚，是现代医学向更高境界提升和发展的一种必然趋势。
中西医两种认知方法的不同，就像孔子遇到的一个难题：两个小孩争论距离的远近，一个小孩认为太阳刚出来的时候离得近，中午时离得远。因为日出时大得像车盖，到了中午就只有盘子那么大了。远的东西看起来小，而近的东西看起来大。另一个反对说，太阳刚升起时远些，中午时才近些。因为太阳刚升起时凉，到中午就烤得人热烘烘的。
其实，一个是依据分析测定，另一个则来自直觉和感受，两者代表了人类两种基本的认知方法。“东方文化中占主流的认知方法一直是经验和直觉，从整体上来认识和处理包括疾病和生命等复杂事物和问题，而不先把它们分割成一个个单元来认识”；而西方则主要是沿着“实证加推理”发展其认知方法。西医看到的是清晰的局部，而中医看到的是模糊的整体；类似传统的中国水墨画和古典的西洋静物油画。前者勾勒出一个轮廓，模糊而写意，后者描绘出许多细节，精确而写实。
但事实上，中医的基本概念与现代生命科学有很多相似之处：中医强调“阴阳平衡”，与现代系统生物学有异曲同工之妙；中医强调“天人合一”，与现代西方科学讲的健康环境因素十分相似；中医强调“辨证施治”，类似于西方医学通过药物遗传学为每一个病人找到最适合的药；中医的复方理论，实际上就是现在的西方治疗学越来越强调的各种疗法的综合使用。
医学研究应首先从人这个复杂的生物系统本身开始，在捕捉和了解其整体特性和规律的前提下着手进入微观领域。也就是说应该采用从整体到局部的研究策略，先有整体，尽管开始时很模糊，但在明确人体的系统运行功能和状态的基础上，逐步向局部直至最小单元进行科学的还原分析，最终使之自上而下地逐层清晰化。
沿着这个思维，传统中药大都采用含有几十种甚至几百种化合物的多味药材组成的方剂进行治疗，这样的复杂药物体系给现代药理评价带来极大的挑战，也是中医药被认为“说不清、道不明”的一个主要原因；如果将这许多组分的方剂视作为一个整体、一个单一组分的治疗药物，先研究其在人体内的整体生物效应，明确疗效后再去看局部，或许就简单得多或者更有方向了。
现代医学在专业化还原的策略下分工越来越细，致使整个医疗系统和疾病治疗的实施过程逐渐趋于“破碎化”。但是几乎所有复杂性疾病都受到多基因和环境的影响，同一种疾病的不同亚型以及不同疾病之间在发生和发展过程中的共性特征，在破碎化的诊疗体系下会被丢失，使我们失去不少用简单方法进行治疗或早期干预的机会。
中医首先看的是“人”，一个缺乏明确物质基础而相对“模糊”的整体，然后通过疾病相关临床表型特征再寻根溯源，逐层推断其病因病机。但是中医在很长的一段时间似乎一直停留在经验和哲学思辨的层面，没能“自上而下”地走下去，这导致长期以来中医理论无法用现代语言予以描述、中医与西方医学无法互通互融的格局。因此，中医要与时俱进，不断完善。中医的整体观、辨证施治、治未病等核心思想如能得以进一步诠释和光大，将有望对新世纪的医学模式的转变以及医疗政策、医药工业、甚至整个经济领域的改革和创新带来深远的影响。
