（二)在免疫学研究中的应用
无菌动物在免疫学研究的应用，乃是促进发展无菌动物模型的动机之一。无菌动物血中无特异性抗体，很适合于各种免疫现象的研究。
1．研究免疫系统功能和机体受感染后感受性改变的关系：由于在无菌动物机体内除去了生活的微生物，使无菌动物大大增强了对感染的感受性。如将无菌豚鼠从无菌系统中移到普通动物饲养区，常在几天内死亡，病因经常是梭状芽孢杆菌的感染。医.学 全在.线,提供www.med126.com
无菌动物的免疫系统在下列各方面都明显降低：
⑴特异性抗细菌抗体；
⑵肺泡巨噬细胞的活体力；
⑶唾液中的溶菌酶和白细胞；
⑷对内毒素的全身反应等。
2．研究细胞间介免疫及其在癌瘤预防上作用：当研究细胞间介免疫及其在癌瘤预防上的作用时，就更需要测定微生物菌群在刺激体液和细胞间介免疫反应中的作用及对自家免疫反应中的可能作用。
3．研究丙种球蛋白和特异性抗体：无菌动物血清中γ一球蛋白含量下降。球蛋白来源于消化道中死菌的刺激。用无抗原性饲料喂无菌动物（如无菌小白鼠喂以水溶性低分子化学饲料时)，小白鼠血清中就可以完全缺乏丙种球蛋白。在无菌小猪中用无抗原性或有限抗原性的饲料时，血清里就可完全没有丙种球蛋白和特异性抗体存在。
上述无菌小白鼠血循环中的白细胞也大量降低，但这种无菌小白鼠在用羊红细胞注射时，脾空斑形成细胞和血循环的丙种球蛋白都明显增加
（三)在放射医学研究中的应用
用无菌动物研究放射的生物学效应，就可以将由放射所引起的症状和因感染而发生的症状分别开来。抗菌动物能耐受较大剂量的x线照射。在用致死剂量照射后动物的存活时间也要长些。因放射而引起的粘膜损伤，无菌动物比普通对照动物要轻。大剂量射线照射普通动物，除照射本身的影响外，尚有肠道微生物影响。而照射对无菌动物则主要为照射本身引起的后果。无菌动物受500-1000rad照射后可影响造血系统和骨髓细胞功能，大于1000rad可致肠粘膜损伤，出现肠粘膜上皮细胞再生停止。同样剂量的射线对普通动物肠粘膜损伤大，可致肠粘膜上皮脱落。
（四)在营养、代谢研究中的应用
1．无菌动物是研究营养的好模型。很多营养成份是靠细菌降解的。正常动物的肠道可合成维生素b和维生素k。应用无菌动物可研究那些菌可合成维生素b或k。
2．代谢研究：如胆固醇代谢和微生物关系的研究。用已知菌动物研究指出：肠道微生物能使胆汁酸起化学变化，从而减少其再吸收，而增加其排池。有些特殊的微生物种类和这种胆汁酸的代谢有关。这就为控制血清胆固醇含量和心血管疾病的研究，指出了新的课题。
无菌动物的脂肪代谢与普通动物有差别。无菌动物类中脂肪含量高于普通动物。无菌动物缺乏脂肪酸。
（五)在老年病学研究中的应用
无菌小白鼠的自然死亡期比普通小白鼠为长，而且雄性无菌小白鼠的寿命和雌性和相似或更长些。对2-3年龄无菌大白鼠的检查结果表明：在肾、心脏和肺里实际上没有和年龄相关的病变，这些研究说明，微生物因素和机体的老化有关，而以前一般都认为起源于内因或完全与饮食有关，通过用已知菌动物对这些变化的直接原因进行研究，会对合理地控制衰老有一定俾益。
（六)在毒理学研究中的应用
正常豚鼠对青毒素敏感，而无菌动物则无此反应。因此，青霉素过敏是因肠道代谢过程中引起的过敏。
用大豆喂养动物，发现有中毒现象，但用同样食物喂无菌动物则无影响。用大豆喂无菌鸡也无影响。有些用鹌鹑进行研究，将其感染大肠杆菌后再喂豆类可引起中毒。
