近交品系的命名，国际上已有统一规定，由国际实验协会（ICLA)负责，自1952年以来，近交系小鼠标准命名委员会对承认的近品系小鼠每四年公布一次，1984年第八次公布了250个品系，其中包括各个系或株（stock)的历史、来源、独特的生物学特性等介绍，以及人名、单位名的规定写法和遗传背景、基因组成、缩写符号及其相应品系的标准命名等。这些资料供全世界参考，在进行新的命名时可避免重复及混乱。
近交系动物国际命名的规则是根据动物的来源、历史和培育经过而命名的，用一系列的字母及数字来表示。
一、近交系的命名法
1．一般均用一个或几个大写英文字母表示，如A、AE、BA、AKR、DBA、NZB、STAR、NMRT、NYLR、NZBR等。
2．有些品系可在大写英文字母间加入一些阿拉拍数字来表示，如C3H、C57BL、C57BR、C57L、CC57W、CC57BR等。
3．非正规的命名，如果已广泛为国际所共知者，则可保留沿用，如：“129”、“101”、“615”等。
4．近交代数表示，一般是在品系符号后括号里写上代数，并在代数前加写“F”（Filial的缩写)，例如A（F78)。如果由于资料不全，可以写上已知代数，在代数前面加下问号，如AKR（F？+10)如系从其它实验室引入的近交系或亚系，又经自己实验室若干代的繁殖，其近交代数的表示方法是在F符号后，先标明引入时的子代数，再加上自己实验室繁殖的代数，如C57BL/Jnga(F73+26)，即表示此亚系是73代时引入的，又经自己培育了26代。
5．书写品系命名符号要写全，应使用公布的全称，不能随便缩写（这里指的是写论文报告，在材料方法一栏里一定要把品系命名符号写全。这样才能说明所指的是哪个品系或亚系)。例如，C57这个缩写可意味着七、八个特征不同的品系（如C57BL及其亚系6个，C57BR/cdJ,C57L)。只写C57BL就包括有几个特征不同的亚系（如C57BL/1，C57BＬ/6J、C57BL/6N、C57BL/10J等)。所以，若只写C57或C57BL都是品系名称未书写完全。同样，只写CBA亦为不确切的书写法，因为它也有若干个特性不同的亚系，如CBA/J是有视网膜退变基因的，而CAB/ca则没有这种基因，两者对放射线的敏感性也不一样，组织相容性也不同，至少有5个位点不同的。
6．国际上公认的品系缩写：已公布的品系缩写有：AKR-AK，BALB/c-C，CBA-CB，C3H-C3，C57BL-B，C57BL/6-B6，C57BL/10-B10，C57BR-BR，C57L-L，DBA/1-D1，DBA/2-D2，HRS/J-HR，RⅢ-R3。
7．品系符号的优先权：任何品系或亚系命名均应参照国际命名委员会的规则命名，如果出现两品系命名符号相同，则保留先正式公布者，并以发表《Mouse News Letter》（小鼠新闻通讯)或《Inbred Strani of Mice》（近交系小鼠)两个刊物上的品系灵为准。但一些著名的、国际广泛使用的品系则不在此限。
. 二、亚系的命名法（一)亚系的定义和形成
亚系（Substrain)是由同一个近交系分离出来的具有各不相同特性的品系。亚系可由下列途径形成：
1．在同一研究室里，从近交品系中分离出来，从兄妹交配繁殖达8～19代之后分开饲养，分开后不与其它品系混交，再继续兄妹或亲子近交12代以上者。如此可获得具有一定特殊性状的品系。
2．一个近交品系从一个研究机构或研究者转送到另一个机构或研究者哪里，经相当代数饲养，并与其它品系混交者。
3．当发现有某些基因变异时，可培育成具有某些特殊性状的亚系动物。
