临床医师在日常医务工作中基于本人与他人的经验也可作些病因调查，但因种种原因不易获得正确的结果。例如潜伏期长的疾病，临床观察到的往往是它的结果，不易发觉其病因。有些较罕见的疾病，医师一生的经历中仅见数例，难于获得其病因。有些较常见的疾病，例如高血压、心血管疾病等由多种因素引起的，其中有些因素已为人们所熟知，但另一些因素不易发现，给病因研究带来一定难度。在病因研究中必须采用设计严密的流行病学调查，应用各种流行病学研究方法，有计划、有步骤地进行调查研究才能获得良好的结果。病因调查的步骤一般可归纳如下：
一、收集资料、了解疾病的分布，形成病因假设
通过现况或专题调查可获得大量原始资料，经整理与分析后，描述疾病的三间分布，从实际出发，立足于客观资料，提出疾病的可能病因假设。Mac Mahon等提出四种方法作为建立假设的依据。
（一)求同法（method of agreement)
假设所研究的疾病发生在两个或多个地区，这几个地区必有一个共同点，这个共同点可能是发生该疾病的原因，研究者应寻找发病人群或发病地区的共同点，例如1958年某地发生大规模不明原因发热疾病流行，经调查发现农民罹患率高，参加过支援农业的国家职工发病者多，这两种来自不同地区、不同职业的人群有一个共同点，即近期内他们均曾在田间下水劳动和垦荒，此共同点有助于形成病因假设，参加田间下水劳动和垦荒可能是发生该病的重要原因。调查结果表明，这是一次罕见的钩端螺旋体病流行。
（二)求异法（nethod of difference)
在两种不同情况下，某病发生的频率显著不同，某种因素在一个环境中较多，而在另一个环境中较少或甚至没有，提示该因素可能与发生该病有关。例如1958年，新疆察布查尔县的锡伯族、哈萨克族与维吾尔族杂居地区流行一种类似肉毒中毒的疾病。但该病仅发生在锡伯族而同院居住的其他民族均不发病，考虑不同民族的生活、饮食习惯可能与发生该病有关。经调查发现锡伯族有喜食“米送乎乎”（制甜面酱的半成品)的习惯，这种发酵食品常带有肉毒梭菌，在厌氧发酵过程中产生的肉毒毒素是一种强的神经毒，从而查明病因。
（三)共变法（method of concomitant variation)
疾病发生的频率随着某种因素的变动而发生相应的变动，提示该因素与该病有关。例如儿童龋齿患病率的高低与饮水中含氟量有关，当饮水中含氟量在0.5ppm以下，人群中龋齿患病率明显上升。医学.全在线www.lindalemus.com
（四)类推法（method of analogy)
一种疾病的分布与另一种病因已知疾病的分布相似对，这两种疾病可能有共同的病因。例如肺癌按城乡分布与支气管炎的分布相似，经推理，此两种疾病的病因可能是类同的。
以上叙述了如何应用大量和多方面的资料，经分析和逻辑推理的方法形成病因假设。此外研究者还必须具备生物学、医学及有关学科的知识与经验，这样更有利于抓住键问题而形成病因假设。
二、选择与检验病因假设
应用描述流行病学方法获得该疾病的三间分布特征而提出病因假设。但它是否确切，尚需专门设计观察与分析方法来选择与检验这个病因假设。最常用的是病例对照研究，它一次可同时调查多种因素，筛选出可疑的致病因素，然后根据可疑致病因素的暴露与否来进行定群研究，即从因至果来检验假设病因与疾病之间的联系。
三、验证病因假设
经定群研究后，可肯定某种因素与疾病有联系。如果已排除各种混杂因素的影响，可初步定为有因果联系，继而再应用实验性研究来验证其因果联系。例如在人群中消除该因素或施加一些干预措施等来观察疾病频率的变化。由于实验性研究是在人为控制的条件下进行的，且随机分为暴露组与对照组，两者均衡性好，可比性强，从而可获得更可靠、理科学的资料来验证因果联系。
