诊断
早期对隐孢子虫病的诊断须进行肠粘膜活组织检查，近年则主要从粪便中查出卵囊确诊。检查方法多用粪便直接涂片染色法。水样泻的临床症状可作参考。
金胺－酚染色法：染色后在荧光显微镜下可见卵囊为圆形，发出乳白色略带绿色的荧光，中央淡染，似环状。本法简便、敏感，适用于批量标本的过筛检查，但需要荧光显微镜，限制了在基层卫生机构的广泛应用。
改良抗酸染色法：染色后背景为蓝绿色，卵囊呈玫瑰红色，内部结构清晰。
金胺酚－改良抗酸染色法：上述方法染色后，标本中多存在非特异的红色抗酸颗粒，貌似卵囊，难以鉴别。本法先用金胺－酚染色后，再用改良抗酸染色法复染，染后用光学显微镜检查，其卵囊同抗酸染色，而非特异性颗粒呈蓝黑色，颜色与卵囊不同有利于卵囊的检查，并提高了检出率和准确性。
免疫诊断，国外已有几种方法，其中单克隆荧光抗体法较敏感特异。
1．流行情况 迄今世界已有6大洲74个国家，至少300个地区，都发现了隐孢子虫病。在欧洲的腹泻患者中，隐孢子虫的检出率为1％～2％；北美洲为0.6%～4.3%；亚洲、澳大利亚、非洲和中南美洲为3％～4％，高可达10.2％。很多报道认为，隐孢子虫的发病率与当地的空肠弯曲菌、沙门氏菌、志贺氏菌、致病性大肠菌和蓝氏贾第鞭毛虫相近。在寄生虫性腹泻中占首位或第二位。国外爆发流行时有报告，多发生于与病人或病牛接触后的人群，或幼儿园和托儿所等集体单位。美国费城一日托中心，在一次腹泻爆发中隐孢子虫的感染率高达65％（13／20)。同性恋并发艾滋病患者近半数感染隐孢子虫。
国内于1987年韩范在南京市区首先发现了人体隐孢子虫病病例。随后在南京、徐洲、安徽、内蒙、福建、山东和湖南等省市都报道了一些病例。在腹泻患者（多为儿童)中，隐孢子虫的检出率为1.36%～13.3%，其中福建的感染率最高。
一般认为隐孢子虫病多发生在2岁或5岁以下的婴幼儿，男女间无明显差异，温暖潮湿季节发病率高，农村比城市多，沿海港口城市比内地多，经济落后、卫生状况差的地区比发达地区多，畜牧地区比非牧区多。但这些情况并非绝对，也有相反的例外报道，如在芬兰旅游者到外地受感染是主要途径，因此，该地区的成人感染多于儿童，城市高于农村。
2．传染源 隐孢子虫病人的粪便和呕吐物中含大量卵囊，多数患者在症状消退后仍有卵囊排出，可持续几天至5周，这是主要的传染源，而健康带虫者和恢复期带虫者也是重要的传染源。据Robert等最近报告，在21例免疫功能正常而无腹泻患者的十二指肠引流物中发现了隐孢子虫卵囊，可是在其粪便内查到的仅不到半数（46.7％)，说明不伴腹泻的带虫者是存在的。交叉试验证实，牛、羊、猫、犬和兔等动物的隐孢子虫卵囊亦可感染人，成为畜牧地区和农村的重要动物源性传染源。
3．传播途径 日托中心隐孢子虫病的爆发、家庭接触爆发以及护理该病的医护人员感染率高等报道提示，人际的相互接触是重要的传播途径。近三年来，英、美等国报道了水源瀑发的问题，如只有不到65000人口的西部佐治亚洲，大约13000人发生了胃肠炎，其中39％的患者粪检隐孢子虫卵囊阳性，饮用自来水者患胃肠炎的危险性高于不饮用者，危险度为3：1，在自来水中也找到了卵囊。这是一次大范围的水源瀑发。当今，用于消毒自来水的氯化物的浓度不能杀死卵囊，因此一旦水源污染，易引起爆发流行。
4．易感人群 人对隐孢子虫普遍易感。婴幼儿、艾滋病患者、接受免疫抑制剂治疗的病人，以及先天或后天的免疫功能低下者则更易感染隐孢子虫。大量应用多种抗生素、患水痘、麻疹和经常感冒者等均易感本虫。
防治原则
该病为人畜共患病，预防本病应防止病人病畜的粪便污染食物和饮水，注意个人卫生，保护免疫功能缺陷或低下的人，增强基免疫力，避免与病人病畜接触。卵囊对外界的抵抗力强，常用的消毒剂不能将其杀死，10％福尔马林、5％氨水，加热65～70℃30分钟，可杀死卵囊。
隐孢子虫病治疗至今尚无特效药物。国外有用螺旋霉素治疗者；国内用大蒜素（大蒜新素allimin)胶囊治疗，有一定效果。
