2)酶解法
酶水解法较化学法具有更多的优越性，使用也更广泛。因其具有较高专一性，而且水解产率较高，所以可以选择各种不同专一性的酶进行专一性的断裂。
常用的酶有胰蛋白酶、糜蛋白酶、胃蛋白酶和嗜热菌蛋白酶。
胰蛋白酶专一断裂Lys,Arg的羧基侧肽键，如果对Lys,Arg,CysH进行化学修饰可改变胰蛋白酶的断裂性质。
(1)赖氨酸的修饰。将Lys用顺丁烯二酸酐或甲基顺丁烯二酸杆修饰，则胰蛋白酶仅使Arg肽键断裂。
顺丁烯衍生物在中性pH下稳定，胰蛋白酶水解仅使Arg键断裂。在酸性条件下顺丁烯衍生物可脱去封闭，此时再行胰蛋白酶水解，则得赖氨酸为末端的多肽。下述为蛋白质中的赖氨酸，经顺丁烯酰化作用后，被胰蛋白酶水解的例子。
(2)精氨酸的修饰。精氨酸与1，2-和1，3-二羰化合物作用，缩合产物是一杂环化合物，十分稳定。然后胰酶水解仅断裂赖氨酸残基末端的肽键
(3)半胱氨酸的修饰。若肽链内Lys、Arg均较少，则为了增加胰酶的裂解点，可以将半胱氨酸进行氨乙基化，其产物Sβ氨乙基半胱氨酸有类似Lys的结构，胰蛋白酶在水解时，不能识别这微细的变化，从而在半胱氨酸处断裂。
蛋白水解酶的专一性
| 酶 | 来源 | 主要作用点 | 其它作用点 |
| 胰蛋白酶 | 胰 | Arg，Lys | |
| 糜蛋白酶 | 胰 | Tyr，Phe，Trp | Leu，Met，His，Asu，Gln |
| 弹性蛋白酶 | 胰 | Leu，Ile，Ala | 其它等 |
| 胃蛋白酶 | 胃粘膜 | Tyr，Phe，Trp，Met，Len | Ala，Glu，Asp，其它等 |
| 木瓜蛋白酶 | Papayplant木瓜植物 | Arg，Lys，Gly | 其它等 |
| 嗜热菌蛋白酶 | 嗜热解蛋白芽孢杆菌 | Leu，Ile，Phe | Val，Tyr |
| 枯草杆菌蛋白酶 | 枯草杆菌 | 芳香族及脂肪族残基 |
肽链的裂解和重组大致有三种情况：一种是非特异性裂解，如酸水解。由于裂解的片段较小，造成分离的困难。因此这种非特异性裂解对大分子肽链是不适用的。第二种是特异性裂解，采用两种以上的专一裂解，然后进行组合，这种方法一般也适用于分子量小于5万的蛋白质。第三种是逐步的专一裂解，首先将某种氨基酸进行化学修饰，使水解酶专一断裂某一种氨基酸，分成若干片段，然后解除化学封闭，再用此酶裂解，使曾被封闭过的氨基酸断裂。目前倾向于采用这种裂解方式。
