（五)显示（Visualization)
显示又可称为检测系统（Detection system)。根据核酸探针标记物的种类分别进行放射自显影或利用酶检测系统进行不同显色处理（详见本章 第二节 )。
细胞或组织的原位杂交切片在显示后均可进行半定量的测定，如放射自显影可利用人工或计算机辅助的图象分析检测仪（computer – assisted image analysis)检测银粒的数量和分布的差异。非放射性核酸探针杂交的细胞或组织可利用酶检测系统显色，然后利用显微分光光度计或图像分析仪对不同类型和数量的核酸的显色强度进行检测。但利用ISHH做半定量测定必须注意严格控制实验的同一条件，切片的厚度和核酸的保存量如取材固定的间隔时间等。如为放射自显影，核乳胶膜的厚度与稀释度等必须保持一致。
（六)对照实验和ISHH结果的判断
和其它实验方法一样，并非ISHH的任何阳性信号都是特异性的，故必须同时有对照试验以证明其特异性。对照试验的设置须根据核酸探针和靶核苷酸的种类和现有的可能条件去选定，常用的对照试验有下列几种（表20-1)。
表20-1 ISHH对照试验一览表
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核乳胶或非放射性检测系统对照试验 |
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Northern 或Southern印迹杂交法* |
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ISHH与免疫细胞化学结合* |
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应用多种不同的核苷酸探针与同一靶核酸进行杂交 |
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将cDNA或cRNA探针进行预杂交（吸收试验)* |
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与非特异性（载体)序列和不相关探针杂交（置换试验) |
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将切片应用RNA酶或DNA酶进行预处理后杂交* |
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应用同义RNA探针（Sense probe)进行杂交* |
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以不加核酸探针杂交液进行杂交（空白试验) |
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组织对照用已知确定为阳性或阴性组织进行ISHH对照 |
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应用未标记探针做ISHH，进行对照 |
从理论上讲，对照试验设置愈多其靶核苷酸特异性确定愈可靠，但现实是不可能的。因此，在上述对照试验中应任选设至少3～4种用以证实ISHH结果的可靠性。在上述试验中，标明*者为比较可靠的对照试验。①Northern 和Southern印迹杂交法证明的方式和用Western印迹法检测抗体（蛋白质)的特异性一样，是比较可靠的。②如果具备相当的免疫组化抗血清，可用结合的免疫组织化学和ISHH法从蛋白质（或多肽)水平和转录水平在相邻切片或同一切片中证明同一种多肽和相应mRNA共存于同一细胞中。③预先将切片用DNA酶或RNA酶消化，然后用ISHH技术证明丢失的是DNA或RNA。如同免疫组化的吸收试验一样，事先与特异性的cRNA或cDNA进行杂交。再进行ISHH，其结果应为阴性。④由于同义RNA探针和组织内mRNA序列顺序是相同的，应用其进行ISHH，结果应为阴性。检测系统的对照如乳胶或酶显色系统也应在无标记探针的情况下进行。
ISHH的最大优点是它的高度特异性，它可测定组织、培养的单个细胞或细胞提取物中的核苷酸含量。应用高敏感度的放射性标记cRNA探针在理想的ISHH的实验条件下检测mR－NA，其敏感度可达到20个mRNA拷贝/每个细胞。由于双链DNA的稳定性，在用ISHH定位DNA时很少发生丢失，降解。在靶核苷酸序列比较伸展的情况如染色体铺片，长于2kb的探针可以应用。因此，其敏感性高到能够出在染色体铺片上，有时甚至在组织切片上的单个基因拷贝。正因为如此，对ISHH结果的解释应持慎重态度，特别是前人未报告过的新发现。因为如前所述，影响ISHH实验结果的因素太多，比如在外科或实验取材后未及时的固定或冷冻可由于组织中mRNA的降解而导致假阴性结果。另外，在各种类型核酸探针进入细胞、组织和各种器官的能力，又叫可接近性（acessiblity)各异。这些诸多因素都将影响ISHH的实验结果。
