近年在单座位的分子水平深入研究中真正取得了突破性进展，例如，国内外研究均证实，IDDM的易感性在于DQα链52位精氨酸和DQβ57位非门冬氨酸的共同作用（白人，中国汉人)。此外关于各种疾病HLA各基因的等位基因标记也在陆续报道中。
表6-18 HLA与疾病的关联
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疾病 |
HLA |
相对危险率（RR) |
| 与Ⅱ类抗原相关的疾病 | ||
| 淋巴瘤甲状腺炎 | DR5 | 3.2 |
| 类风湿性关节炎 | DR4 | 5.8 |
| 疱疹样皮肤病 | DR3 | 56.4 |
| 慢性活动性肝炎 | DR3 | 13.9 |
| 粥样泻 | DR3 | 10.8 |
| 干燥综合征 | DR3 | 9.7 |
| 阿狄森氏病 | DR3 | 6.3 |
| 胰岛素依赖型糖尿病 | DR3 | 5.0 |
| DR4 | 6.8 | |
| DR3/4 | 14.3 | |
| DR2 | 0.25 | |
| DR3，DQ8 | 100.0 | |
| 甲状腺毒症 | DR3 | 3.7 |
| 肺-肾综合征 | DR2 | 13.1 |
| 结核样型麻风 | DR2 | 8.1 |
| 多发性硬化症 | DR2 | 4.8 |
| 嗜睡病 | DR2 | 100.0 |
| 与I类HLA-B27抗原相关的疾病 | ||
| 强直性脊柱炎 | DR27 | 103.5 |
| Reiter氏病 | DR27 | 37.0 |
| 沙门氏菌感染后的关节炎 | DR27 | 29.7 |
| 耶尔森菌感染后的关节炎 | DR27 | 17.6 |
| 前葡萄膜炎 | DR27 | 14.6 |
| 与I类其他抗原相关的疾病 | ||
| 亚急性甲状腺炎 | B35 | 13,6 |
| 寻常型牛皮癣 | Cw6 | 13.3 |
| 血色素沉着病 | A3 | 8.2 |
| 重症肌无力 | 88 | 4.4 |
HLA与某些疾病相关的机理目前尚不完合明了，可能与以下几种假说有关。
1.分子模拟假说（molecular mimicry hypothesis)某些病原微生物的抗原与HLA抗原分子结构相似，即为共同抗原，可能导致两种后果：（1)机体对这种病原微生物产生交叉免疫耐受，不能产生有效的免疫应答，保护了病原微生物；（2)病原微生物刺激机体产生相应的抗体，损伤了具有共同抗原的组织细胞。如强直性脊椎炎或莱特氏综合征患者细胞表面B27抗原与肺炎杆菌蛋白成分有一段共同的氨基酸序列。与胰岛素依赖性糖尿病（IDDM)相关的风疹病毒膜蛋白上存在与患者MHc Ⅱ类抗原β链上相同的氨基酸序列。
2.受体学说（receptor hypothesis) HLA抗原作为某种病毒的受体。如小鼠MHc Ⅱ类抗原是乳酸脱氢酶病毒（lactate dehydrogenase virus,LDV)的受体。医学全在线www.med126.com
3.免疫应答基因 Ir基因通过其产物Ia抗原影响巨噬细胞提呈抗原或与其它细胞间相互作用，使机体对某些疾病易感。如IDDM的发生至少需要DR抗原β链57位或DQ抗原β链57位氨基酸之一为非天冬氨酸。
4.连锁不平衡学说 HLA基因与真正疾病的易感基因连锁不平衡。如几乎所有发作性睡眠病患者都是DR2、DQ1，在DNA分型上常是DQA1*0102/DQB1*0602组合。先天性肾上腺肥大症病人，体内缺乏固醇-21羟化酶，常为HLA-B47。贝切特氏病（Behcet's disease)与HLAB51相关，如患者B22则不表现眼部症状。IDDM患者C4AQO，C4B3，BfF1，DR3-D3-B8（或B18)-A1，与DR4-D4-B15（或B40)-A2常同时出现。
