1.移植免疫 对于移植后排斥反应的研究系渊源于人类和小鼠中关于组织相容性抗原的研究。由于这种抗原存在于白细胞上，故使组织配型成为可能，这样就为器官移植前选择可靠的供体创造了条件。与此同时，对于人类中某些HLA表型与疾病（特别是免疫性疾病)的关系问题受到重视，并取得一些进展。
移植免疫中的进展在很大程度上应归功于纯系动物，特别是小鼠纯系动物的建立，并在此基础上培育出同类系小鼠。以此等动物进行研究不仅丰富了小鼠的免疫遗传内容，也为了解人类的组织相容性遗传规律提供借鉴，贡献甚大。
此外，对于免疫无反应性或免疫耐受性也进行大量的研究，且与免疫性的研究相互配合进行，Billingham、Brent、Medawar的实验证明在胚胎期或新生期小鼠中输入成年动物细胞可诱发特异性移植耐受性。此实验的中心思想是建立在Brunet的细胞克隆选择学说基础上，同时也是宿主抗移植物反应（HVGR)理论上的起始点。在此基础上，另一相反的现象，即移植物抗宿主反应（OVHR)因而受到注意，开始进行研究，为嗣后的中骨髓移植的成功提供了条件。
80年代中，应用区分T细胞亚群的单克隆抗体和细胞克隆技术来分析参与急性移植物排斥反应的细胞基础，对提高移植物的存活取得了较好的效果。如近年来用单克隆抗体处理供体骨髓细胞，使骨髓移植的存活率大大提高。
2.肿瘤免疫 通过肿瘤免疫以及对人类和动物肿瘤和白血病细胞免疫化学分析的研究，已澄清了若干重要问题，如肿瘤细胞缺少各种正常组织成分，正常存在于胚胎期中某些抗原的再现；在一些肿瘤中出现新抗原（neoantigen)等。肿瘤新抗原的出现提示肿瘤细胞已获取了新的遗传信息，也可能是由于导入了病毒的基因组至细胞中所致。
肿瘤免疫中存在的问题殊多，均需进行广泛深入的研究来加以解决。如对癌症转移的免疫学机理的研究；如何进行有效的癌症免疫治疗，均为急待解决的问题。由于对一些免疫调节剂进行分子克隆，使对癌症的免疫治疗取得有效的工具。如用 α和β干扰素对毛状白血病（hairy cell leukemia)进行治疗，获得较好的效果。IL- 2能使一些转移性肾细胞癌病人的肿瘤消退。用淋巴因子活化的杀伤细胞（LAK)过继治疗肿瘤也取得一些成果。目前对分离肿瘤浸润Tc细胞的研究受到很大的关注，期望获得有效的免疫治疗方法。
3.自身免疫与自身免疫性疾病 正常情况下，机体对其自身组织成分不产生免疫应答的现象一般称为自身耐受性（self to1erance)。而当自身耐受性受到破坏时，免疫系统就会对自身成分产生免疫应答，即为自身免疫。过去一直认为自身耐受是绝对的，但以后证明体内存在极微量的自身抗体。体内存在的一些抗独特型抗体（anti-idiotype antibody)实际上也是一种自身抗体。因为它是针对体内抗体或淋巴细胞表面受体的独特型决定簇。这些抗体不与外界发生直接联系，但在调节外来抗原所诱发的免疫应答中则起着重要的作用。然而，过度而持久的自身免疫应答则是病理过程，可导致自身免疫发疾病。现已证明，免疫系统不仅能识别外来抗原，而且也能识别自身抗原。这对理解免疫调节紊乱在自身免疫疾病发生中的作用甚为重要。
4.变态反应性疾病 蠕虫感染时常产生IgE抗体，发生I型变态反应，如在多种寄生虫病人中出现荨麻疹。某些细菌性感染时发生过敏性鼻炎、支气管哮喘等。Ａ群链球菌Ｍ蛋白与人类肺、肾血管基底膜有共同抗原，故感染了这种细菌后往往发生肺肾综合症或肾炎，其发病机理属于I型变态反应。近年来发现某些抗组织细胞受体的抗体并不杀伤靶细胞，但可刺激某种激素的生理功能，因而可将甲状腺亢进症、重症肌无力症、抗胰岛素性糖尿病等疾病列入Ｉ型变态反应性疾病范畴。有不少传染病的免疫损伤是由于抗原一抗体免疫复合物的形成而发生，属血型变态反应，如麻风结节性红斑，即是特异性抗体与皮肤病灶中高浓度麻风杆菌抗原所形成的免疫复合物而发生的，此外，某些链球菌感染、乙型肝炎、传染性单核细胞增多症、伤寒、疟疾、血吸虫病等，常可因免疫复合物的形成而产生肾脏病变。
