1、通过治疗对临床诊断进行检验，并修正与发展。限于各种条件，临床诊断一般是在资料不十分充分的情况下做出的，带有假说的性质；即使某一诊断得到特异性检查的证实，医生也不可能确知该病在病人体内引起的全部变化；因此诊断有待于治疗实践的验证和充实。而且做出诊断时医生只了解疾病的横断面，即使当时的认识是正确的，也要随着病程的动态变化而不断发展。不少比较复杂的病情，往往在病人死后病理解剖时才能弄清。所以，应当把治疗看成是对疾病认识过程的继续，医生根据临床诊断所采取的治疗措施带有验证与一定的试探性质，需要按照治疗中的反应对所做的诊断反复审查、评价。事实上。在治疗过程中补充、修正甚至推翻原诊断的情况是常有的，医生切忌主观主义，固步自封；要善于从否定自己的错误中求得正确诊断和治疗的方案，要重视从自己和别人的错误中吸取教训。
2、制订治疗方案更需要复杂的临床思维。医生采用的治疗措施，就其预期效果而言，不外乎三大类：消除病因（对因疗法)、缓解症状（对症疗法)和改善一般状况（支持疗法)。医生在制订治疗方案时，必须考虑到多方面的情况：病因、病理变化。合并症与并发症、病人的身体状况（性别、年龄、体质等)、病人的社会心理状况（家庭、婚姻、经济、文化、职业、性格、社会地位、宗教信仰、生活习惯以至思想方法等)、医疗条件和医务人员的经验与技术水平等等，因此与治疗有关的因素远较作诊断时多。虽然对因疗法可能达到根治的目的，在一定意义上是比较理想的疗法，但综合上述各种因素全面考虑时，此类疗法有时却未必可行。在一定条件下，先行对症或支持治疗会对病人更为有利；而某些自限性疾病甚至无须治疗。治疗应贯彻“少而精”的原则．无针对性地滥用治疗措施，并不是对病人负责的表现。医生的任务，是要为每一个病人制订可行的最佳治疗方案。这里不仅要考虑近期疗效，还要考虑远期的预后影响，包括疾病的复发及播散等。我们不仅要考虑医学问题，还要考虑社会效益问题，不仅需要医学知识，还需要心理学、社会学、伦理学等人文科学知识。因此，制订一个好的治疗方案是一个很复杂的问题，需要做到因人而异，因病而异，因地而异，因时而异。比起诊断过程来，它的涉及面更宽，不确定因素更多，常常需要丰富的临床经验、社会经验和更高的思维能力。
3、如何对待治疗的副作用？绝大多数外加的治疗措施，除了治疗作用以外，都会给人体内环境带来不同程度的干扰，其疗效与副作用是难以分开的。某些远期的副作用往往比较严重，但易被忽视。因此，如何达到最好疗效而设法减轻或消除其副作用及后遗症，也是治疗中临床思维的一个重要内容。目前由于某些治疗措施的滥用造成的医（药)源性疾病，已成为必须予以注意的严重问题（如耳毒性药物造成的神经性耳聋、滥用抗生素和皮质激素造成的危害等)。只有既了解治疗措施的适用范围，又熟知其副作用及防治办法，并注意克服滥用治疗措施的偏向，才能保证病人的安全。有时需要在疾病的危害与治疗措施的副作用之间，作“两害比较，权取其轻”的选择。这方面的思维法尚需探索。如何结合病人的情况，巧妙地审时度势、趋利避害，是一种艺术。有时真可以说：“运用之妙，存乎一心”。
4、在实施治疗方案的过程中必须尽可能地调动病人的主观能动性。治疗和康复的过程需要得到病人最大限度的配合，要善于使治疗方案成为医患双方共同努力的目标。只有充分体谅病人，根据病人及其家属的实际情况（经济条件、文化程度、心理状况等)，采用适当的办法，使他们理解并接受治疗方案，对医生产生充分的信赖，才能建立良好的医患合作关系，从而有利于疾病的痊愈。缺乏经验的医生往往认为疾病的预后完全取决于自己的诊治，而忽略了争取病人配合的问题，甚至对病人的疑虑表现出不耐烦，使病人处于完全盲目被动的地位，由此产生种种悲观烦躁情绪。这种情况可能给预后造成严重的不利影响，对此医生应有足够的认识。
5、发现治疗中的问题，分析其优缺点，努力改进已有的疗法，探索新的有效疗法，是临床医生的责任，也是治疗中的临床思维。对于通用的治疗措施不是墨守成规、满足现状，而是注意病人对治疗的反应，认真总结、细心研究，敢于和善于创新，才能推动临床治疗工作不断向前发展。北京协和医院妇产科从1958年起开始了根治死亡率极高的绒毛膜上皮癌（由胎盘组织发生的恶性肿瘤)的研究，经过十二年的努力，使根治率提高到近40％，并获得了国家的奖励。他们没有满足于这一成绩，又继续研究了二十多年，把根治率进一步提高到80％左右，还创造了二百多例不切除子宫达到根治的经验，并通过细致的临床观察与大量实践，提出了合理的绒癌临床分期方案。他们的经验已在国内推广，挽救了许多病人的生命，并获得国际上的好评。1985年这项工作又获得了国家的技术进步一等奖。这一事例，说明了在治疗过程中的临床思维的重要性与可能取得的成果。
现代医学的进步，创造了许多行之有效的治疗方法，临床各科专著多有记载。但是应该看到，和我们对于疾病的认识水平相比，和保障人类健康的实际需要相比，现有的治疗手段和效果都还有很大的差距。同时，对于各种疗法的综合运用也需要有正确的思维方法。因此，对于治疗问题应以唯物辩证法为指导，在实践中努力研究探讨，克服把治疗仅仅视为一些技术操作而轻视其中的理论思维、以及重诊断轻治疗的错误倾向。
