按人体的系统或解剖部位建立的学科有口腔科学、皮肤性病学、眼科学、神经病学、耳鼻喉科学、内分泌学等等。
口腔科（国外称为齿科)很早就是独立的学科，并有其相应的教育和医疗研究机构，至今国外统计医务人员时，仍常将口腔科医生单独列出。其他学科多系内、外科学的分支学科。这些学科研究的疾病都以一定的部位或系统为主，工作和研究中往往需要较特殊的检查治疗技术与设备，于是逐渐形成了独立的学科。其中皮肤病与性病放在一起，这是因为性病多通过皮肤粘膜传染，且在病程中均会出现一定的皮肤粘膜损害之故。我国由于性病已基本控制，一般医院只设皮肤科。
内分泌学有狭义与广义之分。狭义的内分泌学，又称传统的内分泌学，是指一些分泌激素的无管腺体（ductless glands)的疾病，如甲状腺、甲状旁腺、性腺、肾上腺、胰岛等。这些腺体大多接受脑垂体分泌的促激素调节。晚近的研究表明人体各系统之间与其内部的各个器官，除通过神经组织互相调节以外，还通过体液因素（递质)而互相联系，配合默契。广义的内分泌学把这些通过体液因素发生联系的功能都包括进去，因此出现了神经内分泌、消化道激素、肺的非呼吸功能，甚至肿瘤的内分泌行为等新的研究领域。这些新的研究领域的出现，自然是医学对人体认识深入的表现，但在收治病人时通常仍以传统的内分泌学内容为准。
按照解剖部位设立学科，可使研究的目标更为集中，自然有利于这些专业的发展。不仅现代医学中有这种学科，我国传统医学中也有正骨、喉科、痔漏等专科。我国浴室中的修脚其实也是一种专科，对于脚部的鸡眼、胼胝、灰甲等病也积累了不少诊断治疗的经验，曾得到外国芭蕾舞演员的赞赏。如果用现代科学加以整理、提高，或许能形成我国特有的“脚病学”而为世界做出贡献。
这类学科在研究与应用中特别要注意整体观念，因为局部的病变往往是全身疾病的表现。只见局部而忽略整体，就会出现认识和处理上的差错。
这类学科还在不断发展中。内科与外科的一些内容，还在不断地按照人体的解剖生理系统形成专门化的分支学科，如血液病学、骨科学、泌尿学、神经外科学、麻醉与止痛等等；有的已有专门的学会、学术刊物与研究机构。近年来，国外还把内科消化系统与腹部外科以及病理、放射诊断的力量组织在一起，建立新的消化系专科（包括胃、肠、肝、胆、胰的疾患)。国内也有此类专门的研究机构，如心血管疾病研究所。
