人们最熟悉的内科学、外科学就是按这个原则建立的。内科学研究的是主要用药物治疗的疾病，如各种传染病、各个系统的疾病、营养代谢性疾病、神经精神病等等。因此，内科学实质上是“内治学”。大部分疾病的治疗都离不开药物，因此内科学的研究范围最广，它是临床医学中的基础学科。外科则研究主要靠手术治疗的疾病，如各种局限性的感染、肿瘤、外伤，以及畸形的矫正、一些病损组织器官的修复及移植，还有手术的麻醉方法，等等。所以，外科学更确切的名称应是“外治学”。“内治”与“外治”是中国古已有之的名称，但中医并不用治疗方法来分科。
在现代医学中，按治疗手段建立的学科还有理疗学、放射治疗学、核医学等。理疗学是用力、热、声、光、电、磁等物理因子治疗疾病的科学，过去常被看成是一种辅助性的治疗手段，西方国家把理疗归入康复医学。但是随着生物物理学的发展，人们对生命与疾病同各种物理因子的关系认识日益深入，理疗的应用可望有新的发展。例如最近发现肿瘤细胞对热的耐受力远低于正常细胞，国外与国内都有用热来治疗肿瘤的尝试，并已看到了可喜的苗头。激光与血卟啉综合，给肿瘤的治疗带来了新的希望，国外有人把这个治疗方法与手术切除、化学疗法及放射治疗并列，称为第四种治疗肿瘤的方法。放射治疗学与核医学则是用X线及同位素产生的放射线来治病，是某些疾病（如许多肿瘤及一些由于组织增生引起的疾病)的重要治疗手段。上述学科都是较晚近的学科，我国虽已有一定的基础，但由于需要昂贵的设备，维修不易，特别是放射治疗学与核医学还不够普及。
除了以上学科外，还有一个容易被忽视而又十分重要的学科——营养治疗学。不少疾病是由于营养缺乏引起的，有的疾病如糖尿病的轻型患者，单独用合理的饮食就可以达到治疗的目的（日本可达70％，我国不到20％)；而且几乎一切疾病的治疗与康复，要以合理和充分的营养为基础。国外在营养治疗方面进展很快，已能做到使病人完全依靠人工配制的营养素而长期存活，称为完全胃肠外营养或人工胃肠道（ArtificiaI Gut)，这就能向一些胃肠道必须完全休息或已失去功能的病人（如胃肠道肿瘤、短肠症及高位肠瘘等)提供人工消化系统，使这类疾病的疗效得到很大的提高。因此，应该充分发挥营养学在临床医学中的重要作用。我国医院中的营养治疗工作力量薄弱，机构亦不健全，不少受过专门训练的营养学工作者被调做其他工作，把营养工作交给行政后勤部门管理。这是很不利于我国临床医学水平提高的。目前人工营养在我国已为一些科研与生产单位所重视，开始生产人工营养液，除少数氨基酸外均可自制，但成本仍较高。
此外，还有心理治疗学亦属此类学科。心理治疗对于许多疾病都有重要作用，但在我国除精神病治疗外，开展不多。医务人员的语言与手术刀一样可以治病亦可伤害病人，但是社会心理致病因素的增加和生物医学模式向生物一心理一社会医学模式转变，心理治疗的作用还远未被医务人员所认识与重视，这方面工作在我国是一个需要注意发展的薄弱环节。
按照治疗手段建立的学科，除内科学与外科学可以有自己的研究范围（有些疾病称为内科病，有些称为外科疾病)以外，都是由于需要特殊的知识及设备而建立起来的，不能作为疾病分类的原则。
