就学科本身而言，病理生理学的范围非常广泛。举凡临床各科的任何疾病以及在实验动物身上自发的或人工复制的任何疾病，无不都有病理生理学的问题。然而，应当强调指出，尽管疾病种类繁多，但是所有的疾病，或者是不同器官的许多疾病，都可以发生一些共同的变化，都具有一些共同的规律；而同一器官系统的疾病以至每一种具体的疾病，又各有其特殊的变化和特殊的规律。据此，可以把病理生理学的内容主要分成三个部分，即疾病概论、基本病理过程和系统病理生理学。疾病概论所论述的是有关所有疾病的普通规律性的问题，例如疾病发生的原因和条件，疾病时稳态（homeostasis)调节的紊乱，疾病的转归等等；基本病理过程是指不同器官系统的许多疾病中可能出现的共同的、成套的病理变化，例如水、电解质和酸碱平衡紊乱、缺氧、发热、炎症、肿瘤、弥散性血管内凝血、休克等等；各系统病理生理学的主要内容之一是各个系统的许多疾病在发展过程中可能出现的一些常见的共同的病理变化，例如心血管系统疾病时的心力衰竭，呼吸系统疾病时的呼吸衰竭，肝胆系统疾病时的肝性脑病和黄疸，泌尿系统疾病时的肾功能衰竭等等。至于每一种具体疾病的特殊变化和特殊规律，虽然也属各系统病理生理学的范畴，但因病种过多，故许多疾病的病理生理学问题，将在有关学科特别是临床各科的教材或专著中分别予以论述。
随着医学科学的飞速发展，分子病理学日益受到人们的重视，愈来愈多的分子病被陆续发现。研究这些疾病的病因和发病机制，也逐渐成为病理生理学的一个方面的内容。
