一、天然抗原
根据抗原性物质与机体的亲缘关系可分为“自己”（self)与“非已”（non-self)抗原。即与机体种系发生关系愈远，其遗传性差异越大，其免疫原性也愈强。
（一)“自己”抗原
正常自身组织成分及体液组分处于免疫耐受状态，不能激发免疫应答，但如打破自身耐受，则可引起自身免疫应答；另一些自身组织成分虽具有免疫原性，但在正常情况下，由于组织屏障，不能进入血流，因此不能与免疫细胞接触，也不能激发免疫应答，称此种抗原为隐蔽性身抗原，如脑组织、眼晶状体蛋白及精子等。一旦因外伤或手术等原因，可使此种抗原进入血流时，则可引起自身免疫应答。受病原微生物的感染或应用某些化学药物，可与自身组织蛋白结合，改变其分子结构，形成修饰的自身抗原，也能引起免疫应答。
（二)非已抗原
来自异种动物的抗原物质称为异种抗原。如来自外部侵入人体的各种病原微生物及其产物的外毒素，注射的异种动物免疫血清，以及吸入和食进的异种蛋白，例如花粉和食物均属异种抗原。由于与人种属关系远为强免疫原。此外癌细胞可在人体内产生特异性癌抗原，但对其免疫原性迄今尚未能证实。
在同种动物不同个体间也存在各种组织成分抗原性的差异，称此种抗原为同种异型抗原。这种抗原受遗传支配，它可在遗传性不同的另一些个体内引起免疫应答，称之为异型免疫应答。如人血型抗原不同输血时可引起输血反应，组织相容性抗原或移植抗原型不同可引起移植排斥反应。此外，免疫球蛋白分子上存在的Gm、Am、Km标记均属异型抗原，可用以鉴别IgG、IgA及K轻链的异型。
在不同种属动物组织间也可发现有共同抗原，称这种抗原为异嗜性抗原。Forssman首先发现这种抗原，故亦称之为Forssman抗原。即这种抗原无种属特异性，它可共同存于人、不同种动物与微生物之间，因此它与疾病的发病学和诊断有一定意义。
目前已发现多种异嗜性抗原，如大肠杆轿O86含有人的B血型物质，肺炎球菌14型含有人A血型物质，它们与人血型抗体的产生有关。有些病原微生物与人体某些组织具有共同抗原成分，是引起免疫性疾病的原因之一。如溶血性链球菌一些抗原可与肾小球基底及心肌组织有有共同抗原成分，它们可能与急性肾小球肾炎和风湿病的发病有关。又如大肠杆菌O14型脂多糖与人结肠粘膜有共同抗原，可能与溃疡性结肠炎的发病有关。
某些疾病的诊断也可借助于对异嗜性抗原的检测。例如引起原发性非典型肺炎的病原支原体与MG株链球菌有共同抗原，可藉其血清中抗体对此种链球菌的凝集反应进行诊断，引起斑疹伤寒的立克次体与变形杆菌一些菌株间有共同抗原，可藉其血清中抗休对变型杆菌的的凝集反应进行诊断，称之为Weil-Felix反应。此外传染性单核细胞增多症患者血清中，可出现凝集羊红细胞的异嗜性抗体，可用羊红细胞凝集反应进行诊断。
二、人工抗原
用化学合成法或基因重组法制备含有已知化学结构决定簇的抗原，称之为人工抗原。它可包括人工结合抗原、人工合成抗原和基因重组抗原。无论对免疫学理论研究和分子疫苗的制备都具有重要意义。
（一)人工结合抗原
将无免疫原性的简单化学基团与蛋白质载体偶联，或将无免疫原性的有机分子如二硝基苯（DNP)或三硝基苯（TNP)与蛋白质载体结合，形成载体-半抗原结合物，均属人工结合抗原。应用此种抗原证明了抗原与抗体特异结合的化学基础，以及在抗体生成过程中T与B细胞的协同作用。
（二)人工合成抗原
用化学方法将活化氨基酸聚合，使之成为合成多肽，只由一种氨基酸形成的聚合体称为同聚多肽，如由左旋赖氨酸形成的共同聚多肽（PLL)。由二种或二种以上氨基酸形成的聚合多肽称为共聚多肽，如由酪氨酸、谷氨酸与多聚丙氨酸和赖氨酸组成的聚合成多肽（T、G)-AL。应用这种人工合成多肽可研究氨基酸种类、序列与蛋白质抗原性及免疫原性的关系，也可研究机体遗传性与免疫性的关系。
对天然蛋白质抗原性的研究证明，任何一个氨基酸片段，只要具有合适的构型，都有抗原性，甚至一小段合成的小肽与合适的载体相联接，也能诱导产生抗体，并能与其天然分子构型相结合，这就提示，可根据天然蛋白质抗原的免疫原性片段进行氨基酸序列分析，或由其编码DNA推导的氨基酸序列，进行构建人工合成多肽疫苗。
（三)基因工程抗原
近年来由于分子生物学技术的进步，已有可能将编码免疫原性氨基酸序列的基因克隆化并与适当载体（如细菌粒或病毒)DNA分子相结合，然后引入受体细胞中（如原核细胞的大肠杆菌或真核细胞酵母菌及哺乳类动物细胞)使之表达，即能获得免疫原性之融合蛋白，经纯化后可做为疫苗，此即基因工程疫苗。
应用分子生物学技术制备基因重组疫苗的另一进展，是将目的抗原决定簇的DNA序列插入另一种比较安全的活病素基因组中（如牛痘苗)，制备所谓重组感染载体多价疫苗。医.学 全,在.线,提供www.med126.com
随着70年代分子病毒学的发展，特别是对病毒基因的结构、功能与复制方面知识的积累，为迅速研制病毒亚单位疫苗、合成多肽苗以及基因工程疫苗奠定了基础。
一些重要病毒如乙型肝炎病毒、脊髓灰质炎病毒、疱疹病毒以及流感病毒等的蛋白质多肽，都已利用基因工程进行了成功的表达，有的已进入临床试验阶段。我国也报导了正在进行研制基因工程乙型肝炎病毒疫苗和在牛痘苗表达系统中研制乙肝病毒的重组感染载体的多价疫苗。
