上述四群细胞都是不均一的群体，而且由一个分化阶段发育为另一阶段还有许多移行型细胞，因此对T细胞发育的了解尚有许多问题需待进一步深入研究。
1．早期T细胞发育阶段由胚或骨髓干细胞衍生的T细胞进入胸腺后经前T细胞（pre-T)发育为双阴性细胞，这一过程可视为早期T细胞发育阶段。医.学.全.在线.网.站.提供
Pro-T细胞（表型为CD410、CD3-、CD8+、CD25-、C-kit+、Lin-、TCRαβ-)通过其表面粘附分子与胸腺毛细胞血管内皮细胞上的配体分子结合，并在上皮细胞分泌的多种趋化因子作用下，穿过血胸屏障进入胸腺。在皮质区进行增殖和分化，经Pre-T（表型为CD3-、CD4-、CD8-、CD25-、C-kit10,其TCRβ及γ基因发生重排及转录)进一步发育为DN细胞（其表型为CD3+、CD4-、CD8-、CD25-、TCRαβ-)，但其TCRβ-βCD3可表达于细胞表面，与基质细胞配基结合后，经p56lek传导信号，诱导CD4/CD8分子表达及TCRβ基因发生等位排斥。由此使T细胞发育进入DP阶段，并发生胸腺内的选择过程，最终发育为单阳性（SP)的成熟T细胞库。
2．胸腺选择过程 主要发生于DP阶段，此时TCRαβ基因重排、转录及表达，形成TCRαβ-CD3复合分子，并具有识别配基（自已MHC分子+自己抗原分子)的功能。DP细胞与不同胸腺基质细胞（TSC)相互作用，可导致不同的结果。
胸腺细胞经选择作用后，能存活或被排除，基于它们TCRαβ的特异性，决定于TCR与MHC分子的结合和在胸腺内表达的抗原分子。阳性选择过程可使能自己MHC分子限制性的T细胞克隆增殖，产生功能性成熟T细胞；而阴性选择过程，可使对自己抗原反应性T细胞克隆被排除或不应答，形成自身免疫耐受（表8-7，图8-3)。这是二个顺序过程，提示阳性选择可能发生在阴性选择之前。
图8-3胸腺内TCR特异选择
1)阳性选择（positive selection,PS)：主要发生在DP细胞与皮质型上皮细胞之间的相互作用。凡TCR与自已MHc 分子有亲和性的胸腺细胞可与之结合并导致克隆增殖，而无亲和性的胸腺细胞将导致死亡。在此过程中大部分DP细胞死亡，只有小部分DP细胞存活并增殖。此过程可排除所有非已MHC限制性T细胞克隆，保存自己MHC限制性T细胞克隆和潜在的有害的自身反应性T细胞克隆。此过程可使DP细胞分化为SP细胞。
2)阴性选择（negative selection,NS)：主要发生于DP细胞与胸腺内巨噬细胞（MФ)，树突状细胞（DC)或髓质上皮细胞间的相互作用。胸腺细胞TCR与存在于上述细胞上自己抗原与自己MHC复合物有高亲和性者结合，可导致自身反应性T细胞克隆死亡并被排除，称之为克隆排除（clonal deletion)或克隆存在但受抑制不能活化，称之为克隆不应答（clonal anergy)。现已证明克隆排除与细胞程序性死亡（PCDD)相关，克隆不应答与缺乏活化信号相关，称这种耐受为中枢耐受。但不在胸腺表达的自己抗原，其自身的反应性T细胞仍能发育成熟，并漏出周围淋巴组织，可能由Ts细胞抑制其活性，导致周围自身耐受，所以自身耐受的形成是由多种机制完成的。经胸腺阴性选择作用后，排除了自身反应性T细胞克隆，只有识别非已抗原与自已MHC分子结合的T细胞克隆存活，并由DP细胞分化为具有功能的单阳生（SP)细胞（CD4+或CD8+T细胞)。所以成熟T细胞库表现为自己MHC限制性和自己耐受二种特征。
表8-7 胸腺内阳性/阴性选择
| 胸腺外组织（胚肝，骨髓) | T祖细胞（progenitor-T,Pro-T) |
| 胸腺皮质 | ↓ CD4-CD8-（DN) ↓ CD4+CD8+（DP) ↓ 阳性选择 获得自己MHC限制性 CD4+ CD8+（SP) （自身反应与非自身反应性克隆) |
| 胸腺髓质 | 阴性选择↓排除自反性克隆或不应答（自己耐受) CD4+ CD8+ （MHCⅡ限制TH) （MHCⅠ限制性TC) |
| 周围淋巴组织 | CD4+ CD8+ （TCRαβ) （TCRαβ) |
