当病原体进入了体内，又摆脱了吞噬细胞的吞噬，可随血液循环而在全身播散，但体内某些部位，由于结构上的特点，使病原体不能透过而发挥局部性的屏障作用，它也属于非特异性的免疫作用。这种屏障有多种，如血脑屏障、血胎屏障、血眼屏障、血胸腺屏障等，这里重点介绍前二种。
血脑屏障；由脑膜、脑的毛细血管和包在它外面的胶质膜组成的血脑屏障，可以阻止病原体从血流侵入到脑和脊髓，保护中枢神经系统。有些病菌不易引起脑部疾病就是这个道理，只有在血脑屏障被破坏后，或者有些病菌可突破血脑屏障进入脑部才引起脑炎。婴儿或幼年期因血脑屏障尚未充分发育，病原体可随血入脑，所以易患脑脊髓炎及脑炎。
血胎屏障：由母方子宫内膜和胎方的绒毛膜构成血胎屏障，它可保护胎儿免受病原体感染，保持胎儿正常发育。这种屏障作用的强弱与胎龄有关，如果母亲怀孕不足三个月时，受到某些病毒（如风疹、肝炎等病毒)的感染，由于血胎屏障还没有健康完善，这种病毒就能通过胎盘引起胎儿感染。胎儿发病后停止发育或者死产或者流产，即使发育成熟，也可能发生脊椎裂、兔唇等畸形。如果怀孕四个月以上再得风疹等病毒感染，病毒就不能通过胎盘，胎儿也就不会发生畸形。不少药物也能通过胎盘，造成畸胎、死胎或流产，所以怀孕期间尤其是怀孕早期要注意保健，预防病毒感染并防止滥用药物是十分重要的。
