肛管由外胚层反折衍生而成，直肠则由内胚层反折而成，由此产生的解剖学差异对评价和治疗肛门直肠疾病是重要的。肛管内壁被覆以肛膜，为外部皮肤的延续，直肠内壁由红色闪光含腺体的粘膜组成。关于神经分布，肛管和邻接的外部皮肤分布有大量的躯体感觉神经，因而对疼痛刺激高度敏感；直肠粘膜分布有自主神经，故对疼痛相对较不敏感。
肛管的上界是肛门直肠分界处(梳状线，粘膜皮肤线或齿状线)，有8～10个肛门隐窝和5～8个细小的肛乳头。肛门直肠脓肿和瘘管的发生与隐窝有关。
围绕肛管的括约肌由内括约肌，肛提肌的中央部分及外括约肌成分组成。其前面较易受创伤而造成失禁。耻骨直肠肌在直肠周围形成肌悬带，支持和协助排便。
肛门直肠交界处以上的静脉由门静脉系统引流，肛管的静脉由腔静脉系统引流，肛门直肠交界处的静脉则由门静脉系统和腔静脉系统共同引流。直肠的淋巴回流沿痔上血管根到达肠系膜下和腹主动脉的淋巴结，但肛管的淋巴则流到髂内淋巴结，阴道后壁(在女性)和腹股沟淋巴结。静脉和淋巴管的分布决定了恶性病变和感染的播散方式和途径。
病史包括出血，疼痛，突出，溢液，肿胀，异常感觉，排便活动，粪便的性质，泻剂和灌肠的应用，腹部和泌尿系统症状等详细情况。询问所有患者的肛门性交的情况和肛门插入损伤的情况是重要的。
检查应该轻柔，并且在光线充足处进行，包括外部望诊，肛门周围和直肠内指诊，腹部检查，直肠阴道双合诊(在女性)，肛门镜检查和至痔环以上15～60cm处的硬式或可层式乙状结肠镜检查。望诊，触诊和肛门镜及乙状结肠镜检查时，患者最好采取左侧卧位(Sims位)或膝胸位，或者在倾斜台子上进行。对有疼痛的肛门损害，可能需要进行表面麻醉(5%的利多卡因软膏)，局部麻醉甚至全身麻醉。若患者能耐受，进行磷酸盐清洁灌肠，可有助于乙状结肠镜检查。可作活检，涂片及培养，如情况需要，可进行X线检查。
