引起原发性真菌性肺炎的大多是皮炎芽生菌，荚膜组织胞浆菌或粗球孢子菌，其次是申克孢子丝菌，隐球菌，曲菌或毛霉菌等菌属(参见第158节)。真菌性肺炎可能是抗菌治疗的一种合并症，尤见于因病情严重或接受免疫抑制治疗以及患有艾滋病而致防御功能下降的病人(参见第151节)。
