衣原体是不活动的专性细胞内寄生物，原先认其为病毒，因为它们在宿主细胞质内繁殖。但现在认为是细菌，因为它们含有DNA和RNA，有化学上与革兰氏阴性菌相似的细胞壁，具有核糖体以及在鸡胚卵黄囊内生长良好。
衣原体属中被确认的有3个种：引起鹦鹉热的鹦鹉热衣原体，引起衣原体肺炎的肺炎衣原体和沙眼衣原体。沙眼衣原体包括15个血清型，可引起很多疾病。血清型A，B，Ba和C引起沙眼和包涵体结合膜炎；D至K型引起性传播疾病；L1和L2型引起性病淋巴肉芽肿；L3型引起小鼠肺炎。
沙眼衣原体是美国性传播疾病最常见的病原体，包括男性的非淋菌性尿道炎和附睾炎；女性的子宫颈炎，尿道炎和盆腔炎症性疾病；Reiter综合征；新生儿结膜炎以及通过母亲传染而获的肺炎。20%的成人咽炎归因于沙眼衣原体。
肺炎衣原体(以前称为TWAR)原先认为是鹦鹉衣原体的一种血清型，现在认为是一独立的种，可引起肺炎，特别多见于儿童和青年成人。各家研究表明，社区人群获得的肺炎中由肺炎衣原体引起的占6%～19%。但在临床上不能与支原体引起的肺炎区别。虽然有的研究认为5岁以下儿童的衣原体肺炎不常见，但有的研究指出6%～9%的病例由衣原体所致。未发现发病有季节差异。在动脉粥样硬化的病变区发现有衣原体，因此衣原体感染与冠心病危险性增高相关，但因果关系尚未明确，治疗试验尚在进行中。www.med126.com
鹦鹉衣原体可感染很多动物，但人类的感染与接触鸟类密切相关。
鹦鹉热和衣原体肺炎的讨论见第73节；性病淋巴肉芽肿和尿道炎见第164节；附睾炎见第219节；Reiter综合征见第51节；新生儿结膜炎和新生儿肺炎见第260节中的新生儿感染；沙眼和包涵体结膜炎见第95节。
组织培养可分离出衣原体，直接荧光抗体和酶免疫试验也可检测衣原体。在感染率低的人群中，可用血清学试验排除衣原体。
治疗可用四环素类，大环内酯类和某些氟喹诺酮类药物，疗程≥2周可降低复发。
