虽然有许多细菌可定植于新生儿并引起婴儿室内感染，但金黄色葡萄球菌已是特别常见的严重感染。
金黄色葡萄球菌在婴儿室内定植范围为＜10%～≥70%。由于不同菌株其毒力明显不同，致病的可能性也有极大的不同。院内感染菌株的定植可干扰致病性菌株的定植。因为大多数这样的感染出现在婴儿离开婴儿室后，儿科医师应警惕生后1个月在社区婴儿室发生的任何感染。
在婴儿室内获得的对甲氧苯青霉素敏感的金黄色葡萄球菌导致的皮肤感染，是足月儿最常发生的医院内感染。然而已有对甲氧苯青霉素耐药的金黄色葡萄球菌感染的报告。
虽然婴儿室内金黄色葡萄球菌的鼻腔带菌的工作人员是潜在的新生儿感染源，但有定植过的新生儿是通常的菌库，在生后几日脐带残端和腹股沟最常被细菌定植，而鼻腔则是以后常见的定植处。
尽管有合并感染和感染扩散的发生(包括骨髓炎，肺炎，脑膜炎)，金黄色葡萄球菌感染的最常见表现为脐周和尿布区的皮肤破损性脓疱。葡萄球菌烫伤样皮肤综合征，其严重范围从猩红热样红斑到大泡损害，甚至全身性表皮剥脱症(Ritter病)，由产生表皮剥脱性毒素的金黄色葡萄球菌所引起(参见第112节)。金黄色葡萄球菌感染的临床发生时间从生后数日至数月，但常发生在生后2～3周。对耐青霉素酶的青霉素(如甲氧苯青霉素，苯唑青霉素，乙氧青霉素)，庆大霉素和其他抗生素抗药的金黄色葡萄球菌在婴儿室内越来越常见。
用3%的双氯三酚给婴儿洗澡会减少金黄色葡萄球菌定植的机会，但能产生神经毒性作用，尤其对低出生体重儿。美国儿科学会推荐对婴儿进行干燥护理，但这样做在一些医院引起金黄色葡萄球菌高定植率和发病的流行。在感染暴发时，用三合染料涂脐带区，杆菌肽或莫匹罗星软膏涂脐带区，鼻孔和包皮环切处，可有助于减少定植。医院可暂时每日用3%的双氯三酚乳剂对婴儿的尿布区涂抹，然后应轻轻洗掉。不推荐对工作人员和环境进行常规培养。
其他感染包括B组溶血性链球菌，柠檬酸菌或单核细胞增多性利斯特菌引起的脑膜炎或败血症；肠毒性或致病性大肠杆菌，沙门菌或轮状病毒引起的腹泻；HIV，单纯疱疹病毒，肠道病毒或呼吸道合胞病毒引起的疾病；由淋病双球菌引起的眼炎或并发的感染；或沙眼衣原体引起的结膜炎或肺炎。在足月健康儿中大肠杆菌或其他革兰氏阴性菌引起的败血症少见，但可发生由有毒株引起的各种感染，这些感染大多数是围产期母亲传给婴儿的，但如缺乏适当的控制措施，婴儿室内的新生儿之间可相互感染。除了A组链球菌感染以外，大多数母亲生殖器的感染在产后传给婴儿的可能性很小。因此一些产后发热的母亲，如感觉良好，无危及新生儿的感染，彻底洗手，穿上医院干净的隔离衣后，可护理婴儿。新生儿应避免接触任何污染的物品。
