可以发生氧中毒性抽搐(发生率每1万次治疗中1.3次)，特别是压力＞2.4个绝对大气压时。有些病人属特异体质，对氧分压升高敏感。撤走氧气，抽搐即停，未发现有后遗症。肺部氧中毒(胸骨后疼痛，咳嗽，片状肺不张)可在2个绝对大气压下持续治疗＞4小时后发生。如果按治疗方案进行，不会发生此情况。
经过20～30次治疗后，有些病人主诉第4第5指(尺神经分布区)麻木。这种感觉在治疗结束后4～6周内会消失。原因不明。每天进行HBO治疗可能发生浆液性中耳炎，通常很轻，可用减充血剂治疗。
晶状体屈光改变是最常见的副作用之一。近视，特别是在老年人中，会加重。但有老视者则报告视力有改进，特别是阅读时。通常停止治疗后4～6周内，屈光能力就可恢复到原来状态。然而在治疗前就有白内障的病人中，视力可能不会恢复到治疗前的水平。
