绝对禁忌证
和阿霉素，博来霉素和顺铂绝对不能同时使用。未经处理的气胸是在单人舱中使用HBO治疗的绝对禁忌证，因为在减压过程中当压力接近正常大气压时胸膜腔内空气的体积可以达到原来的两倍或三倍(根据Boyle定律)。在多人舱内，必要时可在舱内治疗气胸。在单人舱内，应准备好McSwain针或其他胸腔导管，减压在一分钟内完成，病人出来时就在其第二肋间隙插入胸腔导管。
早产儿也禁用HBO，因可致晶状体后纤维组织形成。足月婴儿用HBO治疗是安全的，但可能需要加以约束。小孩可能需要轻度镇静。
相对禁忌证
相对禁忌证包括自发性气胸，需做好处理并发症的准备。任何肺部病变理论上都有增加空气积聚的可能，但是HBO中缓慢减压很少引起肺的气压伤。曾有肺炎，呼吸道狭窄和严重吸入性肺炎的病人顺利地进行了HBO治疗。严重肺气肿伴二氧化碳中毒的病人中，除去低氧传动器可能引起呼吸抑制和二氧化碳积聚，降低了对HBO的抽搐发作阈值。上呼吸道感染可以使病人难以平衡耳部及鼻窦的压力，可用血管收缩药减轻充血。如果病人曾因耳硬化症而做过中耳手术，耳内金属或塑料支撑可因病人不能平衡耳部压力而移位，此时需作鼓膜造口置入导管。神志不清患者在治疗前一般不需要做鼓膜切开。发热可使氧中毒抽搐易于发生，如果可能，应在HBO治疗以前，加以控制。先天性球形红细胞症患者的红细胞是脆弱的，氧分压升高可以引起严重溶血。
在孕妇中，短时间用HBO治疗像一氧化碳中毒等急症时，不必担心HBO会刺激胎儿的一些开放导管过早关闭。曾有人推测HBO会加强丝裂霉素C的细胞毒作用。有证据表明在一个绝对大气压下，丝裂霉素C会增加肺氧毒性。因此，同时接受化疗的病人或以往曾用过博来霉素或丝裂霉素C的病人在用HBO时要谨慎。
