医院内感染的分类按照病原体的来源不同分为外源性感染和内源性感染。
1.外源性感染(交叉感染)
外源性感染，亦称交叉感染或可预防性感染，通常是指病原体来自病人体外，如其他病人、病原携带者，包括医院工作人员及探视者，以及污染的医疗器械、血液制品、病房用物及环境等的医院感染。近年来，有些人将引起医院感染的病原体来自他人的称为交叉感染;病原体来自医院环境的称为环境感染。
2.内源性感染(自身感染)
内源性感染也称自身感染或不可预防性感染(确切地讲，称为难预防感染更合适)。引起这类感染的微生物来自病人体内或体表的正常菌群或条件致病菌，包括虽从其他病人或周围环境中来的，但已在该病人身上定植的微生物。例如，肠道、口腔、呼吸道、阴道、尿道及皮肤等部位常构成内源性感染的微生物"贮藏库".在平时定植于这些部位的正常菌群对宿主不致病，形成相互依存、相互制约的生态体系。但是，当病人健康状况不佳，抵抗力下降或免疫功能受损，以及抗生素的应用等因素，可导致菌群失调或使原有生态平衡失调，菌群移位(易位)，从而引发感染。
