目前最常用的方法是金胺－酚改良抗酸染色法，该法是采用金胺－酚染色法和改良抗酸染色法复染，以提高检出率和准确性。单用金胺－酚染色法或改良抗酸染色法，其效果均不如复染方法。检查时，取患者腹泻的新鲜粪便或经10％ 福尔马林固定保存（4℃ 1个月内)粪便，自然沉淀后用吸管尽可能取底部粪便，于载玻片上涂成粪膜，晾干后先用金胺－酚染色，再用改良抗酸染色法复染。
（一)金胺－酚染色法
1．染液配制
lg／L金胺－酚染色液（第一液)：金胺1g，石炭酸5．0g，蒸馏水100 ml ；3％盐酸酒精（第二液)：盐酸3 ml，95％酒精100 ml ；高锰酸钾液（第三液)：高锰酸钾0．5g，蒸馏水100 ml 。
2．染色步骤
滴加第一液于晾干的粪膜上，10～15 分钟后水洗；滴加第二液，1分钟后水洗；滴加第三液，1 分钟后水洗；待干后置荧光显微镜下观察。
低倍荧光显微镜下，可见卵囊为一圆形小亮点，呈现乳白色荧光。高倍镜下卵囊呈乳白或略带绿色，卵囊壁为一薄层，多数卵囊周围深染，中央淡染，似环状；或深染结构偏位，有些卵囊全部为深染；但有些标本可出现非特异的荧光颗粒，应注意鉴别。
（二)改良抗酸染色法（modifieD acid－fast stain)
1．染液配制
石炭酸复红染色液（第一液)： 碱性复红4g，95％ 酒精20 ml，石炭酸8 ml，蒸馏水100 ml ；10 ％硫酸溶液（第二液)：纯硫酸10 ml，蒸馏水90 ml （边搅拌边将硫酸徐徐倾人水中)；20g／L 孔雀绿液（第三液)：20g／L 孔雀绿原液1 ml，蒸馏水10 ml 。
2．染色步骤
滴加第一液于粪膜上，1．5～10 分钟后水洗； 滴加第二液，1～10 分钟后水洗；滴加第三液，1 分钟后水洗；待干后置显微镜下观察。染色后，卵囊为玫瑰红色，圆形或椭圆形，背景为绿色。染色（1．5分钟) 和脱色（2分钟)时间短，卵囊内子孢子边界不明显；染色时间长（5～10 分钟)，脱色时间相应延长时，子孢子边界明显，卵囊和子孢子均被染成玫瑰红色，子孢子呈月牙形，共4个，其他非特异颗粒则染成蓝黑色，容易与卫生人才网卵囊区分。
不具备荧光显微镜的实验室，可染色后先在光镜低、高倍镜下过筛检查，见有小红点时再转用油镜观察，这样可提高检出速度和准确性。
（三)金胺－酚改良抗酸染色法
先用金胺－酚染色后，再用改良抗酸染色法复染，然后置光镜下观察。卵囊同改良抗酸染色法所见，但非特异性颗粒被染成蓝黑色，两者颜色显然不同，极易区别，使检出率和准确性都明显提高。
