形态学检查方法是细菌检验中极为重要的鉴定手段之一，它不仅有助于细菌的初步识别，同时也是决定进行生化反应鉴定的重要步骤。如痰中的抗酸杆菌、脑脊液中脑膜炎球菌、泌尿生殖道分泌物中的淋球菌等。通过形态学检查得到初步的诊断。由于细菌体积小，无色透明， 因此利用光学显微镜直接检查只能观察到细菌的动力，对形态、大小、排列方式、染色特性及特殊结构的判定，还须借助于染色标本的观察。要研究其细菌的超微结构，还需用电子显微镜。
一、不染色标本检查法
不染色标本的检查用于观察活菌状态，常用以检查细菌的动力或运动状况。
1．湿片法：用接种环取细菌培养液两环， 置于载玻片中央，轻轻覆以盖玻片。菌液要适量，不可外溢，不可有气泡。高倍镜下观察。
2．悬滴法：加一小滴菌液在盖玻片中央，在另一凹玻片凹窝的周围涂少量凡士林，将凹面向下，对准盖玻片中央，盖在凹玻片上，迅速翻转玻片，用小镊子轻压，使盖玻片与医学检验网凹玻片粘紧，密封凹窝边缘。高倍镜下观察。
3．毛细管法：本法适用于观察厌氧菌动力。先将待检菌接种在适宜的液体培养基中，经厌氧过夜培养后，以毛细管（长60 ～70n m ， 管径0．5 ～1．0n m ) 接触培养物，使菌液进入毛细管中，用火焰封闭毛细管两端，将毛细管固定在载玻片上，镜检。
二、染色标本检查法
（一) 基本方法
细菌胞浆无色透明，不易识别。常用适宜的染料使细菌着色后，以观察其形态和特殊构造，且可按染色反应进行分类。
1．原理
（1) 物理吸附作用：由于毛细管现象和渗透作用， 使染料进入细胞内被溶解吸收。此外细菌等电点较低，p H 值2 ～5 ，在一般情况下细菌带负电荷，易和带正电荷的碱性染料相结合。
（2) 化学反应：菌体内某些化合物和染料相结合，发生化学反应使细菌着色，而且不易被脱色剂所脱色。
（3) 其他因素：细胞膜的通透性、膜孔的大小、细胞结构完整与否以及培养基成分，染色液中电解质含量、p H 值、菌龄等都是影响细菌着色的因素。
2．方法
（1) 涂片：临床标本大多可直接涂抹在洁净的载玻片上。若是细菌的液体培养物，可直接加一小滴在载玻片，稍加涂布。若是从固体培养基上取细菌菌落，则应先用接种环取一环生理盐水置于玻片上，然后从培养基上取少许菌在盐水中轻轻磨匀，使呈轻微
乳白浑浊，再涂布扩大至直径20 m m 大小的圆形，待自然干燥，也可加微热使其干燥。
（2) 固定：涂片干燥后，在火焰上迅速通过3 次加以固定。固定过程可杀死细菌，凝固细胞质和其他细胞结构，增加细菌细胞对染液的通透性，还可使细菌涂膜牢固，不被在染色过程中的流水冲洗脱落。
（3) 染色：一般用低浓度染色液（1 ％以下)，滴加染液覆盖涂膜。分单染法和复染法。为促使染料与菌体结合，有的染色法可在染液中加入酚、明矾，有的在染色过程中加碘液，可起到媒染的作用，也有用加热法促进着色的。
（4) 脱色：一般应用乙醇、丙酮或酸类作为脱色剂。适当掌握脱色时间以获良好的效果。脱色剂可以显示出细菌与染料结合的牢固程度，具有鉴别染色的作用。
（5) 复染：复染液应与初染液的颜色不同，以形成鲜明对比。复染可使已脱色的细菌重新着色。
