补体系统主要通过两条途径参与卫生人才网人类疾病的发生。补体编码基因的结构异常可使补体蛋白产物缺乏，导致补体激活障碍，从而引发严重的病理后果。其次，补体系统激活，也可导致某些免疫性疾病（超敏反应及自身免疫病)的发生。
一、补体固有成分的遗传性缺陷
补体两条激活途径的固有成分包括C1q、C1r、C1s、C4、C2、C3、P因子、D因子等均可能出现遗传性缺陷。C3缺乏可导致严重的、甚至是致死性的化脓性细菌感染，其机制在于C3缺乏的患者吞噬细胞的吞噬、杀菌作用明显减弱。C2与C4缺乏与自身免疫性疾病有关，其机制可能是由于经典途径激活受阻，导致循环IC不能被有效地清除。
在主要组织相容性复合体（MHC)中，缺陷的补体等位基因与某些病理性免疫应答基因连锁。
此外，组成攻膜复合物的补体固有成分也可出现遗传性缺陷。C5、C6、C7、C8 和C9成分缺乏的患者不能形成M A C，因此不能有效地溶解外来微生物。
二、补体调节蛋白的缺陷
补体调节蛋白缺陷可导致补体激活异常，并与许多疾病有关。
（一) C1抑制物（C1INH)缺陷
C1 抑制物缺陷可引起遗传性血管性水肿，属常染色体显性遗传。
（二)I因子和H因子缺乏
旁路途径可溶性调节蛋白缺乏十分罕见。I 因子或H 因子缺乏的患者由于液相C3转化酶生成失控，血浆C3被完全耗竭，循环IC的清除发生障碍。患者常可伴有肾小球肾炎。
（三) 膜结合补体调节蛋白缺乏
阵发性夜间血红蛋白尿（PNH)患者的红细胞和其他细胞不能表达膜结合调节蛋白（DAF、HRF 和CD59 等)，以致自身细胞表面C3转化酶及MAC的形成失控，导致细胞溶解加剧。红细胞对膜结合调节蛋白的缺乏特别敏感， 故PNH患者出现反复发作的血管内溶血。
三、补体受体缺陷
红细胞表面CR1表达减少可导致循环IC清除障碍，从而导致某些自身免疫性疾病（如SLE)的发生。另外，白细胞粘附缺陷（leukocyte adhesion deficiency，LAD) 患者CR3、CR4 的β链（CD18)基因突变，导致CR3 与CR4 缺失，临床表现为反复的化脓感染。
