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实验的希望在于：医生最终能够控制这些细菌的排泄与灌输。但澳大利亚消化疾病中心的胃肠病学家Thomas Borody说，这种经过培养的钡灌肠可能会产生副作用，相比拥有完整生态系统的粪便，其治愈效果要低。并且随着在实验室中不断繁殖，细菌可能会发生变异，丧失治愈能力。
许多人仍然相信钡灌肠是行之有效的方法。最近，一个由日本东京大学Kenya Honda领导的小组报告：在治疗患有结肠炎和过敏性腹泻的老鼠的过程中，研究人员以17种无害的梭菌（曾被证明可以刺激免疫系统分泌调节T细胞)为治疗手段，有效地抑制了免疫反应过度。
在一项名为RePOOPulate的实验项目中，一个由加拿大金斯顿皇后大学的Elaine Petrof和圭尔夫大学的Emma Allen-Vercoe领导的研究小组，成功开发出一个由33个菌种组成的粪便装置，用于治疗艰难梭菌和炎症性肠病。他们希望这些菌种在为完整的粪便移植提供帮助的同时风险更小。Allen-Vercoe最初培养了70个菌种，Petrof以每一种菌种的致病性和抗生素抗性为依据，最终从中选出了33种。她说，在作最终选择的时候她依靠的是自己的判断力：“我会把这坨臭烘烘的东西塞进我妈妈的身体里吗？不会！那么我将把这个菌种剔除出去医.学全.在.线网站www.lindalemus.com。”
一家名为Rebiotix的美国公司也是同道中人。最近，美国食品药品监督管理局放行了旨在治愈艰难梭菌的一项临床二期实验。Rebiotix公司的创立者兼CEO Lee Jones在一份邮件中写道：“我们并不认为本公司的产品是粪便移植，相反，我们正在开发的是一种基于生物医药形式的微生物修复治疗方法。”
Nieuwdorp认为这种治疗方法还存在多种可能性，但他认为要实现这些可能性需要时间。他说：“现在我36岁，如果到我60岁的时候微生物群分析可以成为医院实验室的标准程序，我将感到非常开心。”目前，粪便移植的禁忌已经不复存在，Nieuwdorp对此感到非常开心。
