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《第二军医大学学报杂志社》为月刊，A4开本，80g铜版纸彩色双胶印刷。国内统一刊号：CN31-1001/R,国际标准刊号：ISSN0258-879X。国内邮发代号：4-373，国外代号：M3852。
《第二军医大学学报杂志社》面向全国和海外作者征稿，主要报道基础、临床、预防、军事医学、药学和中国医学等领域的最新科研成果。由著名肝胆外科专家、国家最高科技奖获得者吴孟超教授任主编。
《第二军医大学学报杂志社》主要栏目辟有：院士论坛、专家论坛、专题报道、论著、研究快报、临床病理（例)讨论、病例报告等栏目。
《第二军医大学学报杂志社》读者对象主要为从事医药卫生工作的中高级科研、医疗、教学、预防机构人员和高等医药学院校的师生。
《第二军医大学学报杂志社》一直被《中文核心期刊要目总览》确认为“中国综合性医药卫生类核心期刊”；是“中国科学引文数据库统计源期刊”、“中国学术期刊综合评价数据库统计源期刊”；被包括中国学术期刊综合评价数据库、万方数据——中国数字化期刊群等在内的国内所有重要检索系统收录，并被荷兰《医学文摘》（EMBASE)、美国《化学文摘》（CA)、英国国际农业与生物科学中心（CABI)文摘数据库、俄罗斯《文摘杂志》（РЖ)、波兰《哥白尼索引》等国际检索系统收录。
《第二军医大学学报杂志社》自1980年以来，《第二军医大学学报》先后多次获全国、全军、教育部和省、市优秀科技期刊评比一、二等奖。2002年获得“第二届国家期刊奖百种重点期刊奖”、2005年获得“第三届国家期刊奖提名奖”，2006年获“首届全国高校精品科技期刊奖”和全国高校优秀科技期刊评比一等奖、2008年被评为首批“中国精品科技期刊”，并荣获第二届中国高校精品科技期刊奖。
该刊被以下数据库收录：
CA 化学文摘(美)(2014)
Pж(AJ) 文摘杂志(俄)(2014)
JST 日本科学技术振兴机构数据库(日)(2013)
CSCD 中国科学引文数据库来源期刊(2015-2016年度)(含扩展版)
北京大学《中文核心期刊要目总览》来源期刊：1992年(第一版), 1996年(第二版), 2000年版, 2004年版, 2008年版, 2011年版, 2014年版
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