1　科学规划中药材生产基地
　　对中药材生产基地生态环境的调查分析，主要是对环境质量、土壤利用历史进行研究。环境质量调查包括生产基地周围和上游有无农药生产企业、化工企业及其他会对中药材产生污染的企业，生产基地生物群落的病虫害状况及其与中药材的关系。种植基地土地利用情况调查，主要是对土壤施用农药（尤其高残毒农药)的情况，以及当地农业生产中农药的使用情况进行调查。在此基础上作出合理规划以避免环境对中药材的农药污染。
2　培育抗病虫害能力较强的品种
　　目前，中药材生产品种多数是混杂群体，如川麦冬从叶形、株形分就有4个类型，川芎从茎色上分就可分为3个类型，味连从花、果、叶分可分为3个类型。这些类型的产量特性、抗性都有一定差异，故进行品种培育不但要以质量、产量为重要指标，同时也应重视中药材品种的抗性特征，选择综合效益好的品种作为基地发展的主导品种，并要不断选育新的优良品种，建立起良性的品种体系。
3　加强田间管理、减少病虫害发生
　　田间管理对中药材病虫害的发展有较大影响，及时除草、清理田间、修剪病虫残株及枯枝落叶，结合深耕细作、冬耕晒土可大大减少病虫害的发生率和为害程度。同时，通过水分田间管理既可调节中药材生长，减少生理性病害发生，增强药材抵御病源菌的侵袭，又可控制致病微生物繁殖。
　　此外，施肥是中药材优质高产的保障。但目前中药材的施肥研究技术相当薄弱，根本谈不上科学合理施肥。施肥的盲目性，造成药材营养失去平衡，这是其产生生理病害的主要原因。因缺乏植物营养知识，将生理病害当作是病理性病害，喷施农药进行防治的现象普遍存在，不但未解决生产问题，反而造成了浪费和农药污染。
4　科学防治中药材病虫害
4.1　中药材病虫害的生物与农业防治
　　生物防治就是利用某种有益的生物消灭或抑制某种有害生物的方法，包括改变生物群落，以虫治虫、以菌治虫、保护和繁殖有益动物等。如蛴螬是川麦冬的主要虫害，蛴螬的成虫是金龟子，金龟子以麻柳叶等为食物，故在川麦冬产区用其他树种代替麻柳树可以产生较好的生物防治效果。再如将七星瓢虫移植到发生蚜虫的药材生产地，利用瓢虫消灭蚜虫就是一种以虫治虫的生物防治方法。
　　农业防治是通过栽培管理措施减少或防治病虫害发生，促进药材生长发育。常用的有合理轮作、合理间套作、调节播种期、合理施肥等。合理轮作使病菌和害虫的寄主发生变化，对病菌和害虫的生长、繁殖造成影响，从而减少药材的病害与虫害。合理间套作，作物间对害虫的食料产生一定的隔离作用，微环境的差异对有些病菌繁殖条件的形成产生影响，减轻或控制病虫害的发生。冬播或春季早播使红花花期提前，可避开红花实蝇成虫产卵盛期与红花现白期的重叠，可大大减少实蝇产卵于花蕾，降低虫害，这是通过调节播种期防治虫害。
4.2　药剂防治
　　首先，要根据病虫害的种类或病害的发生发展规律找出防治方法，适时防治。如栀子蛀枝虫害的防治应在幼虫出现时实施防治方能取得较好效果。在施用药剂时，要对病害或虫害的发生特性和农药特性进行全面分析，做到对症用药。一是要选用恰当的药剂种类，防治病理性病害选用杀菌剂，防治虫害选用杀虫剂；二是要选用高效低毒低残留农药，禁止使用剧毒、高残留或致癌、致畸、致突变的三致农药，如防治虫害可用马拉硫磷、辛硫磷、敌敌畏、克螨特等，防治病害可用百菌灵、多菌灵、三唑酮等；三是采用恰当的施用方法；四是防止药材的农药残留。农药施用时间除考虑病虫害的防治效果，还应考虑对中药材产品质量的影响，根据农药残留的时间长短，最后一次施药要保证在收获前产品中无残留。如防治菌核病的异菌服，最后一次施用要在收获前60天进行；而三唑酮的最后一次施药离收获的时间比较短，只要5天以上就可以。
5　改进加工与贮藏技术
5.1　规范中药材加工技术
　　目前多数中药材的采收加工都是沿用传统的方法，且是分散在药农一家一户进行，很难保证质量稳定和统一。在加工过程中，常用保鲜剂、防腐剂处理，或用特殊烟熏，如白芷干燥过程要用硫黄烟熏以杀死表面的病原菌，而试验表明白芷若能及时干燥，不用硫黄烟熏也不会发生腐烂。故建议药材基地建立规范的中药材初加工厂，分散种植的中药材，可通过收购鲜药材进行加工。这样既可保证中药材质量，又可通过规模加工、规范的分级包装提高药材附加值。这是中药材产地加工的发展趋势，也是实施《中药材生产质量管理规范》的基本要求。
5.2　规范中药材贮藏技术
　　虫蛀、霉变、泛油、变色等是中药材贮藏中的常见问题，传统方法是喷洒防虫药剂、烘晒、烟熏等，这往往会引起中药材质量变化或受到药剂污染，改进传统包装、建立规范的贮藏设施迫在眉睫。如实行真空包装或充入惰性气体保存中药材，破坏了虫害与微生物的繁殖条件，能有效地防治药材虫蛀、霉变和泛油。有研究表明，利用密封材料实行真空低温保存，麦冬可3～5年不出现虫蛀、泛油。在建立中药材仓贮设施时，应具备防鼠、防虫功能、温湿度调节功能及通风避光功能。