阴茎癌多发生于包皮内面、阴茎头和冠状沟等处。早期病变可呈湿疹样、小乳头状、确实的红斑或白斑，尔后逐渐增大，局部隆起，表面呈菜花状或溃疡状，溃疡底高低不平，边缘不整且常隆起如围堤状，并常合并感染而有恶臭。切面上可见灰白色癌组织向下浸润生长，有时累及海绵体。晚期可直接蔓延到阴囊及会阴部。镜下，绝大多数阴茎癌为高分化鳞状细胞癌，有明显细胞间桥和角化珠形成。
阴茎癌转移发生较早，且大多沿淋巴道转移到腹股沟淋巴结，远处转移很少见。
阴茎鳞状细胞癌应与阴茎巨大尖锐湿疣鉴别。后者体积常较大，形成菜花状充满于包皮内，有时可穿出包皮或压迫阴茎头引起海绵体萎缩或破坏，可有继发感染，形成溃疡，而误认为阴茎鳞状细胞癌。但巨大尖锐湿疣的乳头隆起较大，棘细胞层明显增厚，角化不全显著，在上皮的中、表层可见空泡细胞，各层细胞的分化及极向保持良好，基底膜完整，其下间质内有较多淋巴细胞浸润等，可与阴茎癌鉴别。但阴茎巨大尖锐湿疣也有可能恶变为鳞状细胞癌。
