（二)皮肤和皮下组织
大鼠的遗传性毛缺失（稀毛症)至少有两个突变基因引起，第一个突变基因（hr)，2～3周龄时即开始表现为毛脱失，毛变稀，这是毛不能周期性再生的结果，直到所有的毛（除触须外)都脱光。另一个突变基因（n)，鼠出生时触须卷曲，被毛稀疏，大约到了3周龄时毛即脱失了，在每一个毛生长周期里可见绒毛样毛，但一次比一次减少。
（三)骨骼系统
侏儒突变大鼠，有两个突变基因，侏儒-1（dw1)，约12日龄时生长减慢即明显可见，成年雄鼠的体重约为同窝正常雄鼠的50%，而雌鼠的体重约为正常雌鼠的70%。
大鼠的侏儒-2（dw2)，表现型出现于2月龄左右，随后生长速度明显下降，躯干矮胖，眼球突出并终生存在。
（四)造血系统
致死性遗传性贫血（Lathal hereditary anemia,an)大鼠：首先见于2-3日龄的病鼠，常在14日龄时发生死亡。黄疸明显，体重持续下降，红细胞表现为异形红细胞症，小红细胞症及球形红细胞症，并且红细胞数减少。
（五)生殖的泌尿系统
1．睾丸雌性化（Testicular fenunization)或假两性畸形（Psendohermaphroditism)大鼠：病鼠表现型为雌性，但具有xy核型阴性性染色质核，这些大鼠除在腹股沟管或腹腔中存在睾丸外，缺乏生殖道（卵巢、输卵管、子宫)，因此，大鼠本病和人类的睾丸雌性化相似。
2．隐睾症（Cryptochidism)大鼠：病鼠的睾丸一个或两个留在腹股沟管中，尽管腹股沟或腹内的睾丸不产生精子，但睾丸酮的分泌量并不降低，当然，两个睾丸都在腹腔或腹股沟管中的雄鼠是无生殖能力的。
3．肾盂积水（Hydronephrosis)大鼠：荷兰Rijswijk的棕色Norway(BN)品系大鼠和Gum品系大鼠中发生这种遗传性疾病。病鼠的肾脏的输尿管没有任何明显的阻塞，一侧或二侧肾的肾盂肿胀，不分性别均可发病。
4．肾缺失（Renal agenesis)大鼠：病鼠常可见一侧肾脏缺失，因为两侧的肾缺失的鼠是不能生成的，但后者可见于胚胎早期，在肾脏缺失的一侧输卵管和子宫角也常缺失。有时，一侧肾缺失和肾盂积水可同时发生。
（六)眼睛
1．遗传性视网膜营养不良（Inherited retinal dystrophy,rdy)大鼠：rdy突变大鼠的视网膜的病变与人类的色素瘤性视网膜炎相似，故有时称本病为“大鼠的色素瘤性视网膜炎”。
病变包括从视网膜发育后期即开始的光感受细胞的进行性丧失，起初主要包括两个过程：
⑴视紫质产生过多，伴有板层组织成分异常。
⑵光感细胞进行丧失。大约到光感受细胞达到成熟状态和获得视网膜电流描记（ERG)功能以及当rdy/rdy大鼠的视紫质水平达到正常值的二倍时，内杆体节和核开始变性。ERG敏感性逐渐丧失，外体节和极层变性，色素细胞移入外层体节的碎片中。
由皇家外科医院（RCS)大鼠发展了几个同源品系，RCS大鼠来源于VC（Vneversity college)大鼠，VC大鼠和亲代RCS大鼠仅是在染色体上影响色素形成的某些位点有所不同，包括淡红眼（p/p)、黑眼（p/t)或白化（c/c)基因结合纯合状态的视网膜营养不良（rdy/rdy)，这些同源品系分别用RCS-p,RCS-p/t,RCS-c表示。
2．牛眼、表光眼（Buphthalnos,glaneoma)大鼠：在大鼠、兔、猪等动物中可见到一侧或两侧眼睛极度肿大，类似牛眼。病眼至少肿大一倍，突出眼框，眼前房和后房的内容物清朗，但有时带血，在有些病例，永久性瞳孔膜淹没了过滤角，阻止眼液从过滤角通过静脉流走，眼内压升高就导致了上述症状和后遗症。
青光眼发生于WAG近交鼠群。连续兄妹交配到95代后，牛眼的发生率逐渐升高，F98代时，牛眼的发生率15.3%。
3．白内障（Cataract,ca)大鼠：病鼠出生后约14日龄眼睑睁开时，表现为晶状体混浊（常为二侧)，混浊常见于晶状体的中央。病变晶状体比正常的小，呈磨茹状而不呈球状，混浊是晶状体蛋白变化的结果，而不是由于矿物质增加，视网膜可能正常，未见有任何糖尿病的迹象，甲状旁腺也未发生任何组织学异常。
