(三)RNA的吸印转移法(Northern blot)
在RNA凝胶电泳之前,先用乙二醛等变性剂处理RNA,再在适宜条件下电泳使充分变性的RNA直接吸印到硝酸纤维膜上。固定后除去变性剂,然后进行杂交。
试剂:
乙二醛:4mol/L(约为30%),经过阴阳离子交换树脂纯化,使pH为5.5~6.0
磷酸缓冲液:80mmol/L pH6.5~7.0
磷酸缓冲液:10mmol/L pH6.5~7.0
Tris-HCl:20mmol/L pH7.8
二甲基亚砜:分析纯
20×SSC:0.3mol/L柠檬酸钠,3mol/l NaCl
1.RNA变性 吸取1μl 80mmol/L磷酸缓冲液,1μl RNA样品(最多100μg),2μl,4mol/l 乙二醇,4μl二甲基亚砜。混匀后,50℃水浴1h,然后放入冰中。
2.电泳 变性结束后,加入含有50%甘油的10mmol/L磷酸缓冲液2μl和少量溴酚蓝,混匀后点样于1.0%的凝胶上,以4~5V/cm电压电泳。凝胶电泳液为10mmol/L磷酸缓冲液,pH6.5~7.0。
3.转移 变性处理后的RNA可以转移并结合到硝酸纤维膜上,转移过程和转移变性与DNA相同。
4.固定 用20×SSC转移RNA。膜夹在两层干净滤纸中凉干后,80℃烤膜2h
5.乙二醛附加物消除 RNA膜固定后,放入20mmol/l Tris-HCl中,100℃处理5~10min,去除乙二醛,然后进行杂交。
(四)硝酸纤维膜固相杂交
核酸样品经过直接点样或转移到硝酸纤维膜上,固定后,可以进行杂交反应。在杂交溶液中,硝酸纤维膜上变性的核酸样品和变性后的探针在一定的条件下形成双链杂交核酸分子。然后进行酶标显色。
试剂及操作方法见本节 三。
五、真核细胞基因组DNA的制备
从不同组织细胞或血细胞中提取DNA是进行基因诊断的先决条件。制备DNA的原则是既要将蛋白质、脂类、糖类等物质分离干净,又要保持DNA分子的完整。蛋白酶K的应用使这两个原则得到了保证。在提取DNA的反应体系中,SDS是离子型表面活性剂,主要作用是:(1)溶解膜蛋白而不破坏细胞膜;(2)解聚细胞中的核蛋白;(3)与蛋白质结合,使蛋白质变性而沉淀下来。蛋白酶K可将蛋白降解成小的多肽和氨基酸,使DNA分子尽量完整地分离出来。具体方法如下:
(一)白细胞DNA的制备
(1)采集外周静脉血10ml,加1.7ml ACD(柠檬酸0.48g、柠檬酸钠1.32g、葡萄糖1.47g、加水至100ml,0.6kg/cm2灭菌30min)抗凝。
(2)将血液放入已灭菌的50ml塑料离心管内,加30mlSTMT[0.32mol/L蔗糖、10mmol/l Tris-HCl(pH7.5)、5mmol/L MgCl2、1%Triton –X 100],轻轻上下振荡至透明,红细胞完全溶解。
(3)冰浴10min,离心,3000rpm,10min。弃上清,STMT重复处理1~3次。
(4)弃上清,白色沉淀物加10ml STE[0.1mol/L NaCl、10mmol/l Tris-HCl(pH8.0)、1mmol/L EDTA(pH8.0)],先少量,充分混匀,然后加10mg/ml蛋白酶K100μl,20%SDS30μl,摇匀,置37℃水浴15~20h。
(5)用等体积饱和酚抽提,3000rpm离心5min。
(6)用大口钝缘吸管小心吸取上层水相,加饱和酚和氯仿-异戊醇(24:1)抽提,3000rpm离心5min 。
(7)小心吸取上层水相,用等体积氯仿-异戊醇(24:1),抽提,3000rpm离心5min。
(8)小心吸取上层水相,加入1/10体积3mol/l NaAc,2.5体积预冷无水乙醇混匀,-20℃过夜。
(9)将白色絮状沉淀物用玻璃棒挑出,放入Eppendorf管内,加1ml 75%乙醇4℃静置1h,离心,10000rpm 10min。
(10)弃上清,用蜡膜将管口封好,针刺数个小孔,真空抽提(10~15min)。
(11)加200μl 1×TE溶解,置4℃保存。
(12)对所提DNA用紫外分光光度计进行定量和纯度检测。
(13)取2~4μl DNA样品,经琼脂糖凝胶(Agarose)电泳,检查所提DNA的质量及降解情况。