（四)核酸外切酶
大肠杆菌核酸外切酶Ⅲ（exonuclease Ⅲ)是从带3’-OH末端的双链DNA，按3’→5’方向切除5’单核苷酸：
大肠杆菌核酸外切酶Ⅶ则是从单链DNA的3’端和5’端切除寡核苷酸（两种形式)：
（1)（2)
前一种酶需要镁离子作辅助因子才有活性；后一种酶则不需镁离子，因此即使在有螯合剂EDTA的情况下也有活性。另一种从噬菌体λ感染的大肠杆菌中提取的λ核酸外切酶是从带有5’磷酸末端的双链DNA上，逐个切除5’单核苷酸，在反应时需要镁离子：
（五)核酸酶S1
核酸酶S1（nuclease S1)主要是降解单链DNA或单链RNA。对单链DNA的活性更高。它的用途是切除DNA片段的单链末端使之成为平头末端，切开合成dscDNA时形成的“发夹”环以及分析DNA-RNA杂合子的结构。
（六)DNA酶
DNA酶Ⅰ（DNaseⅠ)是随机水解双链或单链DNA的一种内切酶，使DNA分子降解成带有5’磷酸末端的单核苷酸和寡核苷酸的混合物：
在进行重组DNA研究时，必须注意防止DNA酶的污染，否则制备的DNA样品将会降解。因此器皿或试剂高温处理，样品中加EDTA，或放置冰上以破坏或抑制酶活性。
（七)RNA酶
RNA酶A（ribonuclease A)作用于嘧啶核苷酸的3’磷酸根上，切开与相邻核苷酸连接的5’磷酸键。另一种RNA酶T1只作用于鸟嘌呤核苷酸的3’磷酸根，切开与相邻核苷酸连接的5’磷酸键。人体的分泌物如唾液，汗液中都含有RNA酶。因此在操作RNA样品时，必须戴手套，实验用的玻璃器皿都要经250℃烘烤4h（RNA酶耐热)，或用RNA酶的抑制剂处理。医学.全.在线.网.站.提供
（八)连接酶
最常用的是T4DNA连接酶（T４DNa ligase)，催化双链DNA中相邻的3’OH与5’磷酸根之间形成磷酸二酯键，它可用来连接具有粘性末端的两个DNA片段，或连接两个平头末端的DNA片段，使之成为一个重组DNA分子。可是这种酶只能连接双链DNA而不能连接单链DNA分子。T4RNA连接酶则可在单链DNA分子或RNA分子的5’磷酸根和3’-OH之间催化生成共价键。
（九)末端转移酶
末端脱氧核苷酸转移酶（terminal deoxynucleotide transferase)的作用是将脱氧核苷酸加到DNA分子的3’-OH末端。
（十)碱性磷酸酶
从DNA或RNA的三磷酸脱氧核糖核苷酸或三磷酸核糖核苷酸上除5’-磷酸根残基。一般的用途是用这种酶处理DNA或RNA后，在5’端上标记32P。在经限制性内切酶酶切DNA片段后，用碱性磷酸酶（alkaline phosphatase)处理可以阻止酶切的片段自身连接，这在克隆DNA片段时特别有用。
