微生物（microorganism)是存在于自然界中的一群体形细小、构造简单、肉眼直接看不见，必须借助于光学显微镜或电子显微镜放大几百倍、几千倍甚至几万倍才能观察到的微小生物。微生物虽然个体微小，但具有一定的结构、生理功能，并能在适宜的环境中快速地生长和繁殖。
微生物的种类繁多，至少在十万种以上。按其结构、组成等差异，可分成三大类。
1.非细胞型微生物 体积微小，能通过滤菌器；只能在活细胞内生长增殖，病毒属之。
2．原核细胞型微生物 仅有原始核，无核仁和核膜；缺乏完整的细胞器。这类微生物有细菌、衣原体、立克次体、支原体、螺旋体和放线菌。
3.真核细胞微生物 细胞核的分化程度较高，有核膜、核仁和染色体；胞浆内有完整的细胞器。真菌是真核型微生物。
由于病毒、细菌、真菌等形态、结构、生理活动、代谢产物等不尽相同，它们又可各自进一步分类。
例如病毒若按寄生宿主分类，则有细菌病毒（噬菌体)、植物病毒、动物病毒等。根据病毒基因组的核酸种类（DNA或RNA)、类型（ds或ss)和有无包膜分类，可有七大群、ds-DNA，有包膜，ds-DNA，无包膜；ss-DNA，无包膜；ds-RNA，有包膜；ds-RNA，无包膜；ss-RNA，有包膜；ss-RNA，无包膜。传统的细菌分类是按界、门、纲、目、科、属、种分类。有的在科属之间分族，或在属下分亚属。细菌的命名都采用国际通用的林奈氏双命名法（属名在前，种名在后)。例如结核分枝杆菌（Mycobacterium tuberculosis)、金黄色葡萄球菌（Staphylococcus aureus)等。医学全在线www.med126.com
必须指出，细菌形态特征在分类中仅是初步的鉴定依据，一般尚需进一步按其生理特性（培养性状、生化反应、产毒性等)、抗原构造和DNA硷基组成等鉴定。
种（species)是细菌的基本分类单位。同一种细菌的形态、生理特性和组成成分都基本相同。具有密切相关的种组成（genera)，例如痢疾志贺氏菌、福氏志贺氏菌、鲍氏志贺氏菌和宋内志贺氏菌等组成贺氏菌属。有共同亲缘关系菌属、沙门氏菌属等组成肠道杆菌科。
同一菌种之间仍有一定的差异，故以下还可分型（types)和变种（varieties)。又根据结构不同可分成不同血清型（serotypes);对噬菌体或细菌素敏感性不同分成多种噬菌体型（phage－types) 或细菌素型（bacteriocin-types)。此外，尚有毒素型（toxin-types)和生物型（biotypes)。变种是指某些特性与典型种比较有明显差异的细菌。
株（strains)是指不同来源的相同的种（或型)。具有典型特征的菌株称为标准株(standard strains)，如H37RV 为结核杆菌的强毒标准株。为了便于鉴定菌种需要，能同典型菌种进行比较，实验室应保存一些必要的标准菌株。
