健康的人能与可阻止病原微生物入侵的一类微生物群和谐相处，共同生活。这类微生物在体内的定居部位与组织嗜性有关，有些组织可以定居，有些则不能。它们包括两种：常驻菌群和临时菌群。前者持续存在，一旦紊乱，能迅速重建，后者只能存在几小时到几周，不能使自己长期存在。细菌和真菌是主要的共生菌群。
很多因素(如饮食，卫生健康状况，污染的空气)可影响正常菌群的种类。以奶制品为主食的人群，乳杆菌是肠道常见的共生菌；慢性阻塞性肺病(COPD)患者气管支气管中主要定居的是流感嗜血杆菌。
病原菌偶尔也构成正常菌群的一部分，它们能引起疾病，特别在患者防御屏障打破后。
