肠道内常有多种致病的寄生虫或非致病的共生体。最重要的病原体为溶组织内阿米巴，兰氏贾第鞭毛虫，隐孢子虫，等孢子球虫，环孢子虫和微孢子虫。

肠道原虫经粪-口途径传播，在卫生条件差的发展中国家感染甚为广泛。在美国的精神病院或日托中心等粪便失禁或卫生条件差的地方，肠道原虫感染也很普遍。某些阿米巴和胃肠道原虫可通过性关系传病，特别多见于乱交的男性同性恋者。有几种原虫能引起艾滋病患者严重的机会性感染。无症状的感染者是环境和人-人传播的主要传染源，故必须加以治疗。

临床诊断不可靠，必须对适宜的粪便作显微镜检查(表161-1)。