自由生活阿米巴一般自由生活在土壤或水中，但能感染人体并引起严重的疾病。耐克里或棘阿米巴属原虫穿过筛板后，可引起迅速致死的暴发性脑膜脑炎或进展较缓的慢性肉芽肿性脑膜脑炎。河，池或湖中的游泳史对诊断有提示作用，但需在脑脊液或脑组织中发现阿米巴原虫(在脑脊液中的原虫是能活动的)才能确诊。用两性霉素B，咪康唑或利福平治疗偶尔能成功。

棘阿米还能引起一种慢性进行的破坏性的角膜炎，这种疼痛性的病变包括前眼色素层炎，巩膜糜烂和常呈环状的基质角膜炎。感染的危险因素包括戴角膜接触镜片，轻微的角膜外伤，接触可能已被污染的尘土或热水管的水或用于洗角膜接触镜片的盐水溶液。角膜刮取物作吉姆萨染色或三色染色，特异性单克隆抗体检测和泪水或角膜刮取物培养，均可作出诊断。本病必须与单纯疱疹性角膜炎区别。为预防阿米巴性角膜炎，角膜接触镜片必须热消毒。局部单独应用咪康唑或依西酸丙氧苯脒，或与口服依曲康唑联合治疗，或局部应用新霉素-多粘菌素-短杆菌肽软膏可阻止病变发展，但为恢复正常视力需作角膜成形术或角膜移植。