中毒性小肠结肠炎是因为巨结肠患儿顽固性便秘，扩张段内细菌过度生长释放细菌毒素所致。结果使大量液体由肠腔流失，或由于腹泻使得大量电解质液体丧失引起脱水甚至死亡。运用抗生素，补充液体在治疗中起着重要作用，但仍不能完全控制死亡，除非及早结肠造瘘解除梗阻。在结肠造瘘前放置肛管灌肠有利于早期阶段稳定病情。