新药开发关系医药行业核心竞争力的构建和可持续发展优势的形成。随着人类生存环境、生活方式、人口老龄化等自然和社会环境的变化，我国疾病谱日趋复杂化，恶性肿瘤等重大疾病的发病率、死亡率不断攀升，精神性疾病、自身免疫性疾病、新老传染性疾病等危害严重，必须不断研制出安全有效的新药，防止这些重大疾病。而现时的行业创新能力不足、已经成为制约我国医药行业又好又快发展的主要因素之一，新医改方案在强调建立和完善基本药物制度的同时，绝不能忽略保障药物创新的制度安排。
建议：建立“以政府为主导、市场为导向、企业为主体、产学研相结合的”药品创新机制。为保障中国医药行业的可持续发展，有能力参与愈演愈烈的国际竞争，政府必须实施强化技术创新战略，构建国家医药创新体系，加大基础研究投入，建立新药研发公共平台；整合国家在医药领域的科技投入，设立国家创新基金，搭建政府与企业共同投入机制，保障研发队伍的创造性和积极性，培育大品种、大市场、大企业，提升医药行业的创新能力和国际竞争能力,促进医药行业的可持续发展。
对于创新药物建议国家药监部门能够制定专门的创新药物审评注册管理办法，以区别于仿制药品的申报，缩短审批时间；加大知识产权保护力度，在技术审评前增加知识产权的审查；价格部门制定有利于自主创新的价格体系；社保部门及早通过药物经济学评估判断能否纳入医疗保险目录或部分由医疗保险支付并逐渐增加比例；财政、金融部门能给予企业优惠的税收和金融扶持政策，鼓励企业自主创新，提升国际竞争力。
