据美国《连线》杂志报道，研究此疾病的科学家4月28日表示，引起全球疾病大流行恐慌的致命H1N1 型猪流感病毒只是二种普通猪流感病毒的杂交体，而不是先前报道的来自猪、人和禽类流感的杂交病毒。此发现可望解决此病毒的一些不确定的自然属性，不过科学家对其来源和影响知之不多。

英国爱丁堡大学的病毒基因学家安德鲁·纳姆波特说："此病毒是现在流行的二种猪流感病毒的混合体。为何传染到人体上还不得而知。"纳姆波特是在分析美国疾病控制与预防中心从美国加州二名染病儿童中采集的病毒样本进行基因排序后得出这一结论的。其他研究人员可以通过国际流感基因数据库看到这一分析结果。

纳姆波特的结论得到了美国宾夕法尼亚州大学病毒进化专家埃迪·霍尔姆斯和马里兰大学的生物信息家史蒂文·萨尔兹伯格的赞同，他们俩人都查看了美国疾病控制与预防中心提供的此病毒的基因序列。不过，美国疾病控制与预防中心对此结论没有发表评论，但给科学家发了一份文件。此文件被《连线》杂志获得，获知此文件证实了科学家的分析。

科学家认为来自加州的猪流感病毒样本和造成墨西哥以及全球猪流感的是同一种。不过，来自墨西哥的病毒样本还没有进行基因排序，其相似性还不能确信。

经分析，科学家发现加州猪流感病毒样本基因来自北美和欧亚二种猪流感病毒。前者最早于20世纪30年代被描述过，后者于1979年被描述过。欧亚猪流感病毒通常在欧亚而不是北美发现有。这二种病毒没听说在人之间传染。而且，来自欧亚猪流感病毒的基因从来没有报道说在人体内被发现过。这就是此病毒快速传播的原因之一。