南京市胸科医院建于1950年，是江苏省规模最大的胸部专科医院，承担着省、市胸部疾病的医疗、教学、科研任务。是“东南大学医学院教学医院”、“南京肺灌洗中心”、“南京市结核病研究所”。2003年与澳大利亚阿尔弗雷德医院建立友好医院及科研技术合作伙伴关系，2004年成功地为两例终末期慢性阻塞性肺病患者实施了单肺移植、对侧肺减容术，填补了南京地区人体肺移植技术的空白。2005年加入鼓医集团后,与鼓楼医院胸心外科联合成立了“鼓医集团心血管病中心”。医院在胸部疾病的诊断、治疗等方面，具有较高的专科水平而享誉省内外。
目前医院拥有编制床位500张，设有胸心外科、呼吸内科、结核病科、心血管内科、麻醉科、重症医学科、放疗科、中西医结合科、急救中心等12个临床科室，其中胸外科为南京市重点专科；设有医学影像科、检验科、病理科、心导管室、气管镜室等10个医技科室；另有中心实验室、胸心外科研究室、胸部肿瘤研究室、肺结核病研究室等。
医院现有医疗设备1030台（件)，总价值5000多万元。主要医疗设备有：钴-60治疗机、模拟定位机、螺旋CT机、胸腔镜、纵隔镜、DSA、主动脉内球囊反搏泵、数字化胸片机、结核杆菌快速培养仪、动态心电图、麻醉机、呼吸机、肺功能机、彩色多普勒诊断仪、全自动系列生化分析仪、血气分析仪、移动式X线机和ICU中央监护设备等。
医院高度重视科研发展，成果显著。近年来获得国家专利2项、获省市科技进步奖2项、获省市新技术引进奖6项。获上级资助科研项目29项，其中作为主要承担单位参参与国家“十一五”重大传染病基金项目4项，国际合作项目1项。出版专著4本。2010年共获部省级、市厅级、局级课题分别为2、1、11项；2011年获得国家级自然科学基金1项，市厅级、局级课题分别为1、9项。2010年发表论文80篇，其中SCI收录论文4篇、中华级论文2篇、核心期刊论文64篇；2011年发表论文56篇，其中SCI收录论文8篇、中华级论文2篇、核心期刊论文44篇。
医院是南京市“花园式单位”和“花园式医院”，医院多次被江苏省精神文明建设指导委员会、江苏省卫生厅、南京市政府、南京市卫生局、南京市总工会授予“江苏省精神文明建设先进单位”、“文明单位”、“文明医院”、“先进基层党组织”、“优质护理服务示范工程优秀推进医院”、“共产党员示范岗”、“工人先锋号”等荣誉称号。
