厦门中医院(福建中医学院附属医院，福建中医学院第三临床医学院)正式成立于1956年11月，是全国首批示范性中医医院、福建中医学院附属医院、北京中医药大学厦门临床医学院，是一所集中医医疗、教学、科研为一体的综合性中医医院。
为弘扬祖国传统医学，拓展厦门市对海内外侨胞的服务与定位，推进闽西南医疗卫生中心的建设，在厦门市政府、厦门市卫生局、厦门市侨联等相关单位的支持下，2004年3月底，经省卫生厅批准，厦门市中医院加挂“厦门华侨医院”的牌子。
厦门中医院又与我国中医药界一流高等学府――北京中医药大学携手，成立了“北京中医药大学厦门临床医学院”。北京中医药大学将在校的港澳台学生送往厦门完成部分基础课和临床课的学习，这就有利于充分发挥厦门对港、澳、台的交流优势，有利于把祖国最优秀的中医药技术资源辐射到海峡对岸。
厦门中医院借搬迁新址之际设立了“港澳侨台胞诊疗中心”，为港澳侨台胞提供更加完善的服务。为了给厦门市贫困归侨就医提供经济支持，在厦门市侨联的倡议下，在厦门香港联谊总会的大力支持下，医院还设立了“厦门华侨医院归侨医疗救助基金”，接受海内外热心于慈善事业的单位、团体及个人的捐款。
