北海市人民医院创办于1886年，其前身是基督教英国安立间教会普仁医院。这是北海，乃至广西的第一所西医院，也是国内较早的西医院。1952年11月北海市人民政府接收后更名为北海市人民医院。1954年7月接收北海市公费医疗门诊部（原法国天主教会主办的广慈医院)，1958年10月合并合浦专区医院部份科室。经历三个世纪，几代人的艰苦创业，如今已经发展成为北海市规模最大，医学学科门类齐全，集医疗、教学、科研、预防保健、急救为一体的国家三级甲等综合医院、广西医科大学第九附属医院、第九临床医学院、卫生部国际紧急救援中心网络医院、北海市紧急救援中心、北海市红十字会医院、北海市人民政府指定的涉外医疗机构、16所医学院校的A级教学医院、国家医师资格实践技能考试基地。
鸦片战争后，《中英烟台条约》将北海列为对外通商口岸。随着西方列强的领事馆在北海设立，各国的传教士相继涌入。1886年（清光绪12年)，英国籍传教士柯达医生（Dr. E. G. Horder)受基督教英国安立间教会港粤教区的派遣，到北海创办了北海的第一所西医院——普仁医院。翌年，又创办了中国的第一家教会麻风机构——附属普仁麻风医院。普仁医院的开办，是西医文化传入北海的开始。创立初期仅2名医生和5名护士，设有门诊室、割症室、药房、产室、简易男女病房等，病床40张，配备各种小手术器械和显微镜。至民国元年，医院年诊治病人已超过一万人次。1935年11月，附属普仁麻风医院从市区迁至市郊白屋村附近，占地90余亩，病床200张。1945年2月，有4名工作人员的普仁医院廉州分院开办。
1947年，由于战事趋紧，院长、医生们陆续返港，仅剩护士6名，助产士1名，医院工作陷于半瘫痪状态。同年9月林怡贤担任普仁医院院长兼普仁麻风病院院长，重新建立了检验室、手术室，培养了一批检验、护理人员，医院业务逐步恢复。
北海解放后，市人民政府于1952年11月接收普仁医院，改名为北海市人民医院。1954年7月接收北海市公费医疗门诊部（原法国政府主办的广慈医院)，1958年10月合并合浦专区医院部份科室。此时，医院的仪器设备和技术力量得到充实，医院开放病床增至230张，年门诊病人15万人次，年住院病人约6000人次。
1966年文化大革命开始，医院受到很大冲击，床位缩减到200张。1968年11月，市人民医院与市中医院、市卫生防疫站、市妇幼保健所等单位合并组建北海市人民卫生防治院，此建制至1971年10月撤消，各卫生医疗单位重新分开恢复原名。
文革结束以后，医院的各项工作逐步走上正轨。1977年至1984年，医院新建了门诊大楼和手术室大楼，开放床位达310张，年门诊人次262999，年住院8831人次。1984年北海升格地级市并被列为国家首批沿海开放城市，医院乘上了改革开放的历史快车。此后的十多年间，医院建设及临床、科研、教学工作快速发展，新建的内科大楼、医技大楼、传染科楼、外科大楼、制剂楼等竣工面积近二万平方米。随着卫生改革的深入发展，医院按照卫生部的要求实施分级管理。经过三年的努力，于1995年成为广西首批通过评审的“三级乙等”综合医院。
2001年新的领导班子上任，重新确立了医院的发展方向和工作目标，带领全院职工以邓小平理论为指导，努力实践“三个代表”重要思想，以行风建设为重点，以医疗质量为核心，加强学科建设，实施科教兴院、人才强院战略，全面开拓医院工作新局面。
跨入新世纪，新门诊大楼和放射治疗楼相继投入使用，医院承办的北海市紧急救援中心也顺利落成，使得医院的医疗条件和环境设施得到极大改善。随着各种高端大型医疗设备的逐步购进，医疗装备的硬件配置也达到了空前规模。在上级部门的关心支持下和新班子的正确领导，经过广大职工的共同努力，医院规模迅速扩大，整体实力不断增强，一举跃居广西先进行列。继2002年成功通过了“三级甲等”综合医院之后，2003年又通过了A级教学医院评审，并在当年成为广西医科大学第九附属医院、第九临床医学院。
2005年，共完成门急诊量51万人次，住院病人1.4万人次，各类手术2万例，其中住院手术4903例。
医院自2006年以来连续三次获北海市科技进步一等奖。2006—2009年北海市人民医院获科研成果18项，其中厅级2项，市级16项，一等奖2项二等奖7项，三等奖8项。有3个广西青年基金项目（基础研究)的研究成果达到国际先进，国内领先水平。2009年北海市人民医院获得北海市级科技进步奖项目数和市级科研立项数均占全市科研总数的四分之一。目前医院正在兴建一幢面积4.8万平方米、高15层，容纳800张床位的现代化住院大楼，于2011年1月10号落成。
