首都医科大学原名北京第二医学院，创建于1960年9月12日。

1985年8月22日更名为首都医学院。

1986年8月27日,确定首医为市属重点院校。

1994年2月5日经教育部批准,更名为首都医科大学。

2000年9月12日,首都医科大学创院40周年。