学校于1980年开始招收培养硕士研究,1986年获硕士学位授予权,到目前为止,共有硕士学科授权一级学科两个，二级学科32个( 佳木斯大学授予硕士学位学科.专业目录 )．按学科门类划分，医学20个，理学2个，工学7，文学2个,法学1个,现在校研究生620人.2000 年务院学位委员会批准我校为"在职人员申请硕士学位授予权"单位及“临床医学专业硕士学位授予权”试点单位。现有省级重点学科4个;研究生处具体负责研究生招生、业务培养、学生管理、学位授予和毕业派遣以及学科建设等工作。自 1996 年与日本高知医科大学（现高知大学)建立校际间友好关系，每年选派部分在读研究生赴日留学 。