黑龙江中医药大学基础医学院前身为黑龙江中医学院基础医学部，始创于1972年4月,1997年7月更名为基础医学院。现有教研室19个；拥有国家级重点学科1个、国家中医药管理局重点学科1个、省级重点学科5个；国家中医药三级重点实验室1个、省级A类重点实验室1个；具有博士学位授予权的学科5个、具有硕士学位授予权的学科7个；国家精品课程2门、黑龙江省精品课程2门、黑龙江中医药大学精品课程10门。

　　现有教职工93人，具有正高级职称者32人，副高级职称者16人；具有硕士以上学历者42人，其中博士17人，博士后2人，在站博士后7人。特聘教授1人，博士生导师12人，硕士生导师28人。国外客座教授1人，省内客座教授3人。

　　基础医学院承担着学校各专业、各层次中西医基础课及共同课等30余门课程。

　　教学研究工作：获得国家级教学成果一等奖1项、二等奖1项、省级优秀教学成果一等奖3项、二等奖3项、省级青年优秀教学成果奖1项、省高教学会教学成果奖15项、校级教学成果奖20项。国家霍英东教育基金（教学类)三等奖4项。我院任全国统编教材和新世纪规划教材主编5部、主审3部、副主编10部、编委20部；主编、主审全国统编教材和新世纪规划教材教学参考书4部。

　　科学研究工作：多数学科都已经形成了稳定而有特色的研究方向，1996年以来，中标科研课题累计358项，科研经费近600万元,科研成果及获奖86项。获省政府科技进步二等奖3项。现主持校级以上科研课题150余项，其中，国家级10项。

　　近年来，荣获国家级教学名师1人，全国先进工作者称号1人，“新世纪百千万人才工程”国家级人选1人，全国优秀教师5人、全国教书育人先进个人1名，中国百名杰出青年中医2人，黑龙江省名中医4人，黑龙江省中医名师4人，黑龙江省劳动模范5人。以及黑龙江十大杰出青年、黑龙江省卫生系统跨世纪拔尖人才、黑龙江省“五四奖章”、黑龙江省青年科技奖、哈尔滨十大杰出青年、哈尔滨市青年科技奖等校级以上表彰及奖励60余人次。学院连续三次被学校命名为校文明单位标兵。荣获“三育人先进集体”和工会先进集体等多项荣誉。