学院于1993年经国务院学位委员会批准为硕士学位授权单位，2000年、2003年经国务院学位办批准可开展在职人员以研究生毕业同等学力申请硕士学位工作和成为临床医学硕士专业学位研究生培养单位。经过十多年的发展，学院在学术带头人培养及硕士生指导教师队伍建设、研究生培养基地建设、科学研究等学科建设方面取得了巨大进步。
 　　目前，我院研究生教育已具规模，并有较为完善的医学各学科专业硕士研究生培养的学科体系。拥有一级学科硕士学位授权点2个，它们是：中西医结合、中药学；二级学科硕士学位授权点21个，分别是：生理学、病理学与病理生理学、内科学、儿科学、神经病学、皮肤病与性病学、影像医学与核医学、外科学、耳鼻咽喉科学、肿瘤学、中西医结合基础、中西医结合临床、人体解剖与组织胚胎学、药理学、免疫学、眼科学、康复医学与理疗学、麻醉学、口腔临床医学、中医内科学、针灸推拿学。我院传染病学专业已从2001年起与重庆医科大学联合招收培养博士研究生；心血管医学研究所从1986年起承担了指导四川大学华西医学中心、重庆医科大学、上海中医药大学、汕头大学医学院等单位的生理学、心血管内科等专业的博士、硕士研究生的学位论文的研究工作。我院有省级重点学科和重点建设学科4个，省级重点实验室2个，省级人才培养基地2个，并拥有一批省级精品专业、课程和重点建设课程。在岗的硕士生导师已达186人，在校研究生500余人。同时，四川省人民医院、四川省医学科学研究院、成都军区总医院、四川省中医药研究院已成为我院重要的硕士生培养基地。
 　　我院自1995年开始招收硕士研究生，从1998年起已有8届近400名研究生毕业，2006年又将有120名硕士研究生毕业。研究生毕业后多选择到高等院校、科研院所、三级甲等医院或医学院校附属医院工作，有近40名毕业生考上了国内重点大学如协和医科大学、复旦大学、四川大学、浙江大学、中山大学的博士研究生。研究生毕业后就业良好，并受到用人单位的普遍欢迎。
　　我院开展在职人员以研究生毕业同等学力申请硕士学位工作。为改善在职人员的学历结构和满足社会对高层次医学人才的需求作出积极有益的探索。从2003年起已有近30名在职人员以研究生毕业同等学力申请并授予了医学硕士学位。
 　　面对21世纪我国社会、经济、科技和医疗卫生事业发展对高层次医学人才不断增长的需求及"西部大开发"战略的实施，我院研究生教育正面临一个良好的发展契机。我们将进一步做好学科建设工作，积极探索和实践研究生教育创新计划的改革，努力使我院的研究生教育在持续、健康的发展同时，不断提高研究生人才培养的质量。