甘肃中医学院研究生教育始于1990年，1992年我院第一个硕士学位点——针灸推拿学专业开始招生，1998年中医骨伤科学专业新增为硕士学位点，2000年我院又新增硕士学位点4个（中医临床基础、中医内科学、中医儿科学、中西医结合临床)；2001 年我院增列为同等学力人员申请硕士学位工作授权单位，并与成都中医药大学联合，成功举办一期研究生课程进修班； 2002年我院与南京中医药大学联合招收中医儿科学专业博士研究生；2003年学院又新增硕士点5个，同时增列为临床医学专业学位授权单位。至此我院共有硕士学位授予权专业 11个，分布在中医学、中药学、中西医结合等专业 2004年我院招收硕士研究生86名，现在校硕士研究生157 名。10多年来，我院已为社会培养了许多高级中医药人才。
   在研究生教育中，我院始终坚持质量第一的观点，从论文质量、外语水平、计算机及医师资格考试等方面严格要求学生，同时加强德育工作，充分发挥导师在思想教育中的作用，使思想教育与业务学习相结合，努力培养德才兼备的高级中医药人才，作为学院可持续发展的根本保证。通过理顺管理体制，确立了校、院、教研室三级管理体制。通过规范管理，制定相关的政策，使学校研究生管理工作走上了制度化、规范化的管理之路，为提高研究生培养质量打下了良好的基础。目前学院正在向获得博士学位授权单位的方向努力。
   甘肃中医学院的研究生教育在国家大力发展高等教育政策的指引下，正在蒸蒸日上，飞速发展。